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浅谈化学小分子数据库的现状与前景

Internet在线检索具有信息量大，检索方式多样，检索效率高等特点。伴随着生物和化学信息学的出现以及网络技术的发展，一些重要的基于国际互联网服务的化学化工数据库已经逐渐引起了人们的重视。近几十年来，随着化学学科的不断发展，人类发现和人工合成的物质种类呈现爆炸式的增长。同时，计算机等相关领域的技术蓬勃发展，使得化学数据库已经成为化学研究工作中一个必不可少的工具。随着化学科学研究的不断信息化，人们对于化学信息的管理需求也在不断增长，如何快速而有效的管理数据成为化学和计算机领域内一个重要的研究目标。本文主要介绍的是如下几种化学小分子数据库。

一、PubChem

1、PubChem数据库简介

PubChem()是由美国国家卫生研究所（NIH）建立的关于小分子生物活性的公共数据库。它包括3个初级数据库——Pcsubstance，Pccompound和PCBioAssay，它们分别包含了物质信息、化合物的结构信息和生物活性信息。到目前为止，Pcsubstance中已包含7000多万个记录，Pccompound中有将近4000万个独立的化学结构，而PCBioAssay中则包含了1684种生物活性实验数据，包括抑制剂（如萤火虫荧光素酶抑制剂、溶血磷脂酶抑制剂），酶的底物（如β半乳糖苷酶的底物），调节剂（如蕈毒碱受体变构调节），微管稳定剂（microtubulestabilizer），细胞毒性（如利用IEC肠上皮细胞系确定的细胞毒性）等生物活性信息。PubChem检索可得到的结果包含了分子式、SMILES、2D和3D结构、InChI和InChIKey、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质，除此以外，还可以看到该化合物作为药物的剂型和商品信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息，并通过文献分类副标题可以查看相关文献。PubChem的检索途径主要分为文本检索和结构检索。文本检索包括分子名称和ID，其中ID既可以是PubChem的化合物ID（SID、CID、AID），还支持外部ID检索，例如，若所要搜索的化合物有DTP/NCI的数据库ID为“NSC78”，可以直接输入“NSC78”进行搜索。另外，还可以输入1个数值范围，例如，搜索分子量在100~200之间的化合物可以输入“100:200[mw]”，xlogP在2.3~2.4之间可以键入“2.3:2.4[xlogp]”。PubChem还可以进行结构搜索，并且支持精确检索（exactsearch）、子结构检索（substructuresearch）和相似性检索（Similaritysearch）。从PubChem的StructureSearch界面中可以看到，用户可以通过手工绘制，或输入检索结构的SMILES、分子式，或在线打开已有的结构文件等多种形式实现检索结构的录入，并且，在其下方的option和Filters标签里可以对搜索的ID、相似度、物化性质等细节进行限定。还可以使用limit标签进行组合检索，在相关界面也会给出一些工具按钮，可以链接到上述介绍的检索功能，实现连续检索，即把目前的的搜索结果作为下一次搜索的基础，检索结果可以以asn、xml和sdf文件格式进行保存。

2、PubChem数据库的应用

刘海波等提出了一种利用PubChem数据库的数据资源，为天然产物寻找可能靶点的方法。以山莨菪碱为例进行了演示，发现了山莨菪碱35个潜在的作用靶标，这些靶标解释了山莨菪碱已知的各种药理活性，并给出了具有指导意义的新信息。该寻靶方法快速、便捷、经济，不需要高性能计算支持，结果相对准确，是一种适合中药化学和植物化学领域的研究人员使用的天然产物生物活性预测和寻靶方法。

王希鹏等首先将一药效团在PubChem数据库中进行了垂钓，然后通过AutoDockTools分子对接软件对含有该药效团的结构和CRM1进行了分子对接，随后选取了Parthenolide和Tripolide进行了分子动力学模拟。最后对番木瓜种子中含有靶向CRM1蛋白的天然共价抑制剂的成分进行了提取，并将其应用到兔耳痤疮模型中观察其治疗效果。通过多次实验方法，得出结论：(1)在PubChem提供的所有数据库中，共有86个数据库中含有具有该药效团结构的化合物，化合物共有334个；(2)分子对接结束后，其从中选取了打分最好的10种结构来进一步分析，并将10种结构与LeptomycinB和CRM1-NES结合口袋的相互作用进行比较分析，结果表明这10种结构在理论上能够成为有效的CRM1抑制剂。(3)分子动力学模拟表明Parthenolide、Triptolide的结合模式均与LeptomycinB的结合模式相类似，CRM1/Tr