仿生计算的生物信息学应用及思考.pdfVIP

SCⅢNCE＆TECHN0L0GY 0『RⅣA【1ON 2009年 第27期 仿生计算的生物信息学应用及思考 宋 杰 (安徽大学计算机学院 安徽 合肥 230039) f摘 要】仿生计算是 目前比较热门的计算方法，生物信息学也是一个很有希望的交叉学科。本文归纳了仿生计算的特点，介绍了其在生物 信息学中的最新的一些应用方法，并对仿生计算方法进行了思考和总结。 关【键词】仿生计算；生物信息学；仿生方法 TheApplicationandThinkingofSimulatingComputinginBioinformatics S0NG Jie (ComputerSchoolofAnhuiUniversity，HefeiAnhul，230039) A【bstract]SimulatingComputingisahotcomputingmethod，andbioinformticsisalsoahopefulinterdiseipline．，rhispaperanalyzesthe charactersofsimulatingcomputing，andintroducessomelatestapplicationwaysofsimulatingcomputinginbioinformtics．Thispaperalsogivessome analysisthinkingofsimulatingcomputing． K【eywords]Simulatingcomputing；Bioinformatics；Simulatingmethods O．引言 们使用了另外一套遗传算法的实现策略。省略了原算法 中每步遗传操 生物信息学是当前受到广泛关注的一门学科 ，被誉为最有发展前 作中的模拟退火过程 ，用并行化的程序来弥补这种省略带来的解质量 途的学科之一。生物信息学的研究内容十分宽广，从生物数据的采集， 的下降．大大降低 了程序运行的时间。 整理和储存 。到生物信息数据的挖掘 ，以及多维图像的处理，都是 以计 胡桂武 在进行生物模体识别时，为了克服微分进化的局部收敛 算机技术为基础 的。 问题，通过模拟游牧民族的迁徙机制，提出一种迁徙策略，将其与差分 面对生物信息浩大 的海洋，为了对生物信息进行研 究，人们采用 进化算法相结合 ，得到一种迁徙差分进化算法新范式 ，利用集成技术 ， 了几乎所有可能的方法 。在对生物信息处理的过程 中，作为一种重要 发挥各种差分进化算法的优点，提高算法的全局搜索能力。 的方法 ．仿生计算也得到 了广泛的应用 。 3．2仿生结构算法 仿生结构算法是模拟生物结构引伸 出的算 1．生物信息学的定义 法，突出代表是人工神经网络。 生物信息学在不同的场合，往往被赋予不同的含义。目前，比较得 人工神经网络是最早应用于生物信息学的算法之一。除了经典的 到公认的说法是：以生物学数据库为主要对象，以计算机和数学技术 算法外．结合生物信息的应用，近年来又提出了很多新的改进方法和 为主要手段 ．以计算机、应用软件和计算机网络为主要工具的，通过对 应用对象。 海量 的原始序列数据进行收集 、存储 、管理 、分析 、注释 、加工和处理而 目前人类单核苷酸多态性(SNPs)研究主要都是依靠生物实验来 获取生物学新知识的一 门交叉学科 】。 确定，借助计算机和数学算法来预报人类单核苷酸多态性(SNPs)是生 2．仿生计算得到广泛关注的原因 物信息学领域的一个难题。董和泉等 在大量文献分析的基础上，尝试 2．1近年来 。由于生物信息爆炸性的增长，需要有效的方法进行研 用人工神经网络算法来预报人类单核苷酸多态性(SN