基于Jensen—Shannon差异的可变剪接分析.pdfVIP

第 3O卷第 4期 江苏师范大学学报 (自然科学版) Vol_3O，No．4 2012年 12月 JournalofJiangsuNormalUniversity(NaturalScienceEdition) Dec．，2012 基于Jensen—Shann0n差异的可变剪接分析 孙 磊，徐 钊 (中国矿业大学 信息与 电气工程学 院，江苏 徐州 221008) 摘要：针对传统方法仅能分析基因的单一可变剪接模式的问题，设计了一种基于Jensen—Shannon(JS)差异的生物 信息学方法ASAT，用以分析基因在转录本水平的多可变剪接模式．将ASAT应用于小鼠转录因子 Klfl敲除实验 的RNA—Seq数据 ，预测 出12个发生 了可变剪接变化 的基 因，并在转录本水平对这些基 因的可变剪接模式进行 了 分析．通过基 因功能富集分析 ，发现其 中有两个基 因Timpl、Gm13654与 Klfl能够显著富集在红血球发育、分化及 动态平衡的生物过程．结果表明，ASAT可预测到与生物功能相关的可变剪接基 因，并能够分析转录本水平 的可变 剪接模式． 关键词 ：可变剪接 ；Jensen-Shannon差异 ；RNA-Seq；基因功能富集分析 中图分类号 ：Q7，Q81，TP391 文献标识码 ：A 文章编号 ：2095—4298(2012)04—0061—06 AlternativesplicinganalysisbasedonJensen—Shannondivergence SunLei，XuZhao (SchoolofInformation8LElectricalEngineering，ChinaUniversityofMining Technology，Xuzhou221008，Jiangsu，China) Abstract：DuetOthefactthattraditionalmethodscanonlyanalyzesinglealternativesplicing (AS)patternofagene。 abioinformaticsmethod-- alternativesplicinganalysisattranscriptlevel(ASAT)isdesignedforanalyzingmulti—AS patternsofageneatthetranscript1eve1．ByapplyingASAT tOanRNA-Seqdatasetonthemousetranscriptionfac— torKlflknockoutexperiment，12geneswithsignificantASchangesarepredicted，andthentheASanalysisiscon— ductedatthetranscriptlevelforthegenesdetected．Bygeneontology (G0)analysis，itisfoundthattwogeneswe predicted，namelyTim1andGm13654，togetherwithKlfl，significantlyenrichinthebiologicalprocessesoferyth— rocytedevelopment，differentiationandhomeostasis．TheresultindicatesthatASAT canpredictASgenesrelevant tobiologicalfunctionsandanalyzeASpatternsatthetranscriptleve1． Keywords：alternativesplicing；Jensen-Shannondivergence；RNA—Seq；geneontology(GO)analysis 0 引言 剪接 (splicing)指的是前体 RNA 的内含子去除、外显子接合的过程 ，它是成熟 RNA形成 的重要机制． 可