大白菜简单序列重复（SSR）和插入／缺失（InDel）标记的开发及通用性分析.pdfVIP

Onlinesystem：http：／w／ww．jabiotech．org 农 业 生 物 技 术 学 报 JournalofAgriculturalBiotechnology 2012，20(12)：1398～1406 DOI：10．3969~．issn．1674-7968．2012．12．006 研究报告 Letter 大 白菜简单序列重复(SSR)和插入 ／缺失(InDe1)标记的开发及通用性 分析 仪泽会 卢有飞 郭晓芹 惠麦侠 张鲁刚 张明科 西北农林科技大学园艺学院，农业部西北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室，杨凌 712100 通讯作者，maixiahui@163．corn 摘 要 为探讨大 白菜基因组序列中SSR位点的分布规律并开发SSR引物，利用 SSRHunter软件对大 白菜A1017299817)的DNA序列进行简单序列重复(SSR)位点查找，共得到394个 SSRs，平 均每 1．02kb出现 1个 SSR。二核苷酸和三核苷酸重复是最主要的SSR类型，分别 占79．44％和 18．78％。 为了提高SSR标记开发的准确性和通用性，对检索得到的含SSR位点的序列进行了同源比对，选取符合 条件的15条SSR序列并设计引物；依据Blast过程中发现的在SSR位点不存在差异而在其侧翼序列中 存在插入 ／缺失(InDe1)差异的序列，设计了19条 InDel引物。用34对 SSR及 InDel引物在 6个大A菜 (Brassicarapassp．pekinesis)材料中进行多态性研究，发现28对引物能扩增出理想的PCR产物，有效扩 增率为82．35％，其中27对引物具有多态性，多态性比率为79．41％。为验证SSR引物的真实性，随机对4 对 SSR引物的部分 白菜扩增片段进行了测序，发现 100％的片段具有相应的SSR位点。28对 SSR和 InDel引物在甘蓝 ．olerace 、油菜 ．napus)和萝 卜(Raphanussativus)品种的有效扩增率分别为 85．7l％、100％和 77．78％，说明新开发的SSR和 InDel标记具有较好的多态性和通用性。利用6对引物分 析了48份十字花科种质的遗传多样性，结果表明48份材料被明显地区分成 白菜和甘蓝组、萝 卜组、油菜 组3大类群，与传统分类一致。大 白菜SSR和 InDel标记的开发对于十字花科种质亲缘关系及遗传多样 性分析具有重要的应用价值。 关键词 白菜，SSR，InDel，通用性 DevelopmentofSimpleSequenceRepeat(SSR)andInsertion／Deletion (InDe1)MarkersinChineseCabbage (Brassicarapassp．pekinesis)and AnalysisofTheirTransferability YIZe—Hui LUYou—Fei GUOXiao-Qin HUIMai-Xia ZHANGLu-Gang ZHANGMing—Ke CollegeofHorticulture，NorthwestAgriculturalandForestryUniversity，KeyLaboratory ofHorticulturalPlantBiologynadGermplasm Innovation inNorthwestChina，MinistryofAgriculture，Yna gling712100，China Correspondingauthor，maixiahui@163．corn Abstract InordertoanalyzetheSSRdistributionin genomicsequenceofBr~sicarapaanddevelopnew SSRmarkers，theDNA sequencesofChinesecabbageA10 17299817)werescreenedusing SSRHuntersoftwareand394Simplesequencerepeats(SSRs)wereminedwithanaveragedistanceof1．02kb． 基金项 目：国家 自然科学基金(No．312