microRNA计算识别中的模式识别技术.pdfVIP

第20 期 计 算 机 技 术 与 发 展 VoI．20 No．6 2010年 6月 ∞ Ⅵ ERTECHNOl YANDDEVELOPMENT Jun． 2010 microRNA计算识别 中的模式识别技术 孙秋凤 (南京师范大学 泰州学院信息与科学技术系，江苏泰州 225300) 摘 要：MicroRNAs(rraRNAs)是一种大小约21--23个碱基的单链RNA小分子，对多种生物学过程起调控作用，它们主要 参与基因转录后水平的调控，能有效地抑制相关蛋白质的合成 ，与生物体的生长发育和某些疾病的发生密切相关 。对n1i． croRNAs(rraRNAs)的研究正在不断增加，计算识别为分子生物学实验寻找新microRNA提供一组高质量的候选序列。文 中从模式识别的角度审视现有的计算识别技术 ，分析和比较各种方法的特点后发现基于支持向量机的识别方法已经能在 识别精度上得到很好的效果，这也是 mieroRNA识别技术将来发展的主要方向。 关键词：microRNA；支持向量机；生物信息学；核函数 中图分类号 ：TP391．4；Q811．4 文献标识码 ：A 文章编号 ：1673—629X(2010)06—0o97—04 PatternRecognitionTechnologyforM icroRNA Identification SUN Qiu—feng (DepartmentofInformationandTechnology，TaizhouCollege， NanjingNomralUniversity，Taizhou225300，China) Abstract：MieroRNAs(miRNAs)are～22ntlongnon—codingR／gAsthatarederivedfrom largerhairpinRNAprecursorsandplayim · portantregulatoryrolesinbothanimalsandplna ts．TheresearchofmiRNAsiscontinuallyincreasingafterthefirstmiRNAsweredisocv· eredusing experimentalmethods．SinceexperimentalmiRNA identificationremainstechnicallychalleng ingand incomplete，thisacllsfor thedevelopmentforcomputationalapproachestocomplementexperimnetalapproachestOmiRNAgeneidnetification．Attemptstolook backthexeistingcomputationalapproachesandocmparetheiradvantages．Finallyfindthatamongallthepotentialmeans．theonebased onSVM hasbetterprecisoinandthat’Swhythismethodhasbeo3nletheleadingme~LSLil-eformicroRNA identificationinthefuture． Keywords．micmRNA；supportvcetormachine；bioinformaties；kemelfunction O 引 言 早期传统寻找miRNA的方法主要依赖于分子克 miRNA是一些长度约为22nt的非编码调控 RNA 隆，此类方法一般都步骤烦琐、周期性长、工作量大，由 家族 ，它有 3个显著的特点 ：