江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT-PCR分析和快速检测.pdfVIP

^ C T ● liBRIgUtlURAE 华北农学报 ·2008，23(6)：87—92 B●睢IILI-SIHICli 江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT．PCR 分析和快速检测 杨 杰 ，王 军 ，周 彤2，陈志德 ，仲维功 (1．江苏省农业科学院 粮食作物研究所，江苏 南京 210014；2．江苏省农业科学院 植物保护研究所 ，江苏 南京 210014) 摘要：为了明确江苏新发生的矮缩病害为水稻黑条矮缩病 ，采用RT-PCR和序列测定方法对其病原进行了精确鉴 定 。根据水稻黑条矮缩病病毒基因组序列的信息，设计扩增 RNA聚合酶基 因、外壳蛋 白基 因和 RNA沉默抑制子基 因 以及核心蛋白基 因部分编码区的4对 引物 ，提取感染水稻黑条矮缩病病毒的水稻植株总 RNA并进行 RT-PCR扩增 ，可 以在感病植株中分别扩增出水稻黑条矮缩病病毒基因组特有的4个条带，测序结果表明，来源于江苏南京的分离物 的4个基因部分编码片段与 已登录的对应基因片段核苷酸序列 同源性达 99％ 以上 ，共发现7个碱基 的突变 。经生物 信息学分析发现 7个单碱基突变都是同义突变 ，氨基酸序列没有改变。根据 以上结果确认该病病原为水稻黑条矮缩 病病毒 。利用该方法可 以对水稻和其他寄主进行早期病毒检测。 关键词 ：水稻黑条矮缩病 ；RT-PCR；病毒检测 中图分类号：S432．4 1 文献标识码 ：A 文章编号：1000—7091(2008)06—0087—06 DetectingandAnalysisofRiceBlackStripeDwarfVirus(1ibSDV)on RiceinJiangsuProvincewithRT·PCR YANGJie，WANGJun ，ZHOU Tong2，CHEN Zhi．de，ZHONGWei—gong (1．InstituteofFoodCrops，JiangsuAcademyofAgricultureSciences，Naujing 210014，China； 2．InstituteofPlantProtection，JiangsuAcademyofAgricultureSciences，Nanjing 210014，China) Abstract：TodeterminethepathogenofricedwarfdiseasewhichhascausedyieldlossinJiangsuProvinceinrecent yearswascausedbyriceblackstripedwarfvirus(RBSDV)．FourpairsofprimerstoamplifyRNAdependentRNApoly— meraseandthecoatproteinandcoreproteinna dsilencingsuppressorofRBSDV weredesigned．Fourbnadswith about 200bpto300 bpwereobtained in infectedriceplantsbyRT—PCR，respectively．Theseparatesegmentwasligatedto pGEM ·T—easyvector，then sequencedwithM 13primers．Theiridentitiestoriceblack-streakeddwarfviruswerehigher than99％ andsevensynonymoussubstitutionwerefound．Th eresultsshowedthattheviruswhichcausesricedwarf dis— easeinJiangsuisRBSDV．TheidentificationofRBSDVinthesmallbrownplanthopper(LaodelphaxstriateUus)，riceand otherhostplantsisofgreatimportanceforthediseaseforecasting．ThisapproachcanbeusedforearlydetectionofRBS— DV ininfect