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中国科技论文在线
HIV-1 蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子
动力学模拟#
王加磊，孟现美，张庆刚，张怿慈，张少龙**
5 （山东师范大学物理与电子科学学院，山东济南 250014 ）
摘要：采用新开发的 ff12SB 力场在 NVIDIA CUDA GPU 上对 HIV-1 蛋白酶的活性位抑制剂
体系和异位抑制剂体系分别进行了 100 纳秒的长时间分子动力学模拟,并用 MM-PB/GBSA
方法计算了活性位抑制剂 TL-3 与 HIV-1 蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段
2- 甲基环己醇结合在 Exo 位,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制
10 剂 TL-3 与蛋白酶的结合自由能为-85.78 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-79.45 kcal/mol 。这
些结果有助于深入了解 HIV-1 PR 的动力学过程,为设计新型强效抑制剂提供了新见解。
关键词：计算化学;HIV-1 蛋白酶;异位抑制剂;MM-PB/GBSA;CUDA;Amber ff12SB 力场
中图分类号：O641.12
15 Long-time scale molecular dynamics simulations of allosteric
inhibitor system for HIV-1 protease
WANG Jialei, MENG Xianmei, ZHANG Qinggang, ZHANG Yici, ZHANG
Shaolong
(College of Physics and Electronics, Shandong Normal University,Jinan Shandong 250014)
20 Abstract: In this paper, We performed 100 nanosecond long time scale molecular dynamics simulation
for the allosteric inhibitor system and active site inhibitor system of HIV-1 protease
respectively,employed the recently developed ff12SB force field on NVIDIA CUDA GPU,both
systems’ bind free energy of inhibitor TL-3 with HIV-1 protease were calculated using MM-PB/GBSA
method. Fragment 2-methylcyclohexanol,binds in the Exo site,stabilizes the inhibited conformation of
25 the target. The free energy of inhibitor TL-3 binding to protease is -85.78 kcal/mol in allosteric
inhibitor system and -79.45 kcal/mol in active site inhibitor system. These results might help gain a
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