浙江省萧山区轮状病毒A组G型和P型基因同源性比较与进化分析.pdfVIP

20l1年9月第49卷第25期 ·基础研究 · 浙江省萧山区轮状病毒A组G型和P型基因同源性比较与进化分析 张群威 孔江英 沈丽蒙 (浙江萧山医院检验科，浙江杭州311201) 【摘要 】目的分析浙江省萧山区婴幼儿急性腹泻患者中分离的轮状病毒A组G型、P型的基因序列 ，探讨该病毒的遗传 变异和分子特性。方法 收集 2010年 6～12月浙江省萧山区急性婴幼儿 (≤5岁 )腹泻患者粪便标本，应用多重 PCR 技术从临床标本中扩增轮状病毒 A组G型、P型基因片段并测序分析，比较基因的亲缘关系并绘制进化树。结果 162例 粪便样本，ELISA结果为 54例阳性。PCR检测结果 G1型为32株 ，G2为5株 ，G3为9株，P型中，P4为3株，P8为5株， 成功地对 16例A组轮状病毒基因进行测序。2010年 A组轮状病毒基因的核苷酸序列与参考株具有较高的同源性 ，且 A组基因核苷酸序列发生了一定的变异。结论 轮状病毒A是引起浙江萧山地区急性腹泻的主要的病原之一，其病原具 有基因型别的多样性 ，Gl型可能是2010年浙江萧山地区流行的优势株。 [关键词 】轮状病毒；同源性 ；进化分析 【中图分类号 】R373．2 【文献标识码 】A [文章编号 】1673—9701(2011)25—17—03 AnalysisofHomology and Evolution ofG and P GenotypeofRotavirusA GroupinXiaoshanofZhejiangProvince ZHANGQunweiKONGJiangyingSHENLimeng DepartmentofClinicalLab，XiaoshanHospitalinZhejiangProvince，Hangzhou311201，China A【bstractlObjectiveToanalyzethegenesequenceofrotavirusAgroupofGandPgenotypefromacutediarrheapatientsin XiaoshandistrictofZhejiangProvinceandexplorethevirusgeneticvariationandmolecularcharacteristics．Methods Collectstool specimensofinfants(≤5years)withacutediarrheainXiaoshandistrictofZhejiangProvincefromJun2010toDec2010，andGand P genesofrotavirusA groupfrom clinicalspecimenswereamplifiedbymultiplexRT-PCR，theamplifiedproductswithexpectedsize weresubmittedtodirectsequencing．Geneticfactorswereanalyzedanddrawnphylogenetietrees．ResultsFifty-fourcasesofrotavirus A groupgenewereamplifiedrfom 162casesofstoolsamples．47caseswereG type，and7caseswerePtype．32strainswereG1type， 5strainswereG2type，9strainswereG3type；3strainswereP4type，5strainswereP8type．16productswithpositivesampleswere successfullysequenced．Afteralignment，highhomologiesofaminoacidsofG andPgeneswereobservedamongsequencesofrotavirus A groupvirus．However，somemutationsofrotavirusA groupwerefoundin2010．Conclusion RotavirusA viruseswereoneofthe majo