扬子鳄MHCⅡ类B基因第二外元的克隆及序列分析.pdfVIP

维普资讯 动 物 学 研 究 2004。Oct．25 (5)：415—421 CN53--1040／Q ISSN0254--5853 ZoologicalResearch 扬子鳄MHC Ⅱ类B基因第二外元的克隆及序列分析 史 燕，吴孝兵 ，晏 鹏，陈壁辉 (安徽师范大学生命科学学院，重要生物资源保护与利用安徽省重点实验室，安徽 芜湖 241000) 摘要：3头扬子鳄血样取 白宣城安徽省扬子鳄繁殖研究中心。利用一对简并引物对MHC Ⅱ类B基因第二 外元的部分片段进行扩增；通过克隆、单链构象多态性分析、测序，并将测得序列与下载的8个物种MHC序 列比对，确定序列差异和变异位点；利用MEGA软件构建NJ树，PAUP4．0构建MP树。结果得到 10种不同的 序列，片段长 166bp。核苷酸序列中有38个变异位点，氨基酸序列中有23个变异位点；推定的抗原结合位点 非同义替换 (dN)明显高于同义替换 (ds)。10种序列的NJ树和MP树极为相似，均为A、B两个分支，两个 分支明显的特异性位点核苷酸序列中有9个，氨基酸序列中有 7个。表明扬子鳄MHCII类B基因第二外元有 较高的多态性，有利于扬子鳄饲养种群的遗传保护。 关键词：扬子鳄；MHCⅡ类B基因第二外元；序列分析 中图分类号：Q959．64 文献标识码：A 文章编号：0254—5853(2004)05—0415—07 CloningandSequencesAnalysisoftheSecondExonofMHC ClassⅡBGenesinChineseAlligator，Alligatorsinensis SIllYan，W UXiao—bing ，YAN Peng，CHEN Bi—hu (ConservationandUtilizationofImportantBoilogicalResourcesofAnhui研 Laboratory， CollegeofLifeSciences，AnhuiNormalUnivemhy，Wuhu 421000，Anhui，China) Abstract：ApairofdegeneratepfimemwereusedtoamplifypolymorphicsegmentsofthesecondexonofMHCclass lIBgenesfromhtegenomicDNAofAlligatorsinensis．Sequenceswereobtainedfromcloning，singlestrandconforlna． tionpolymorphismanalysisandsequencing．Bycomparingwiht naohtereightspeciesMHC seuqences differencesfrom ， seuqencesandvariablesiteswereconfirmed．Phylogeneticrelationshipswereconstructedbyneighbor-joiningmethodin MEGAnadmaximumparsimonymehtod inPAUP4．0．Tendifierentnucleotidesequenceswere obtained，whichwere166 bplong(exceptone160bp)．Thereare38varibalesitesamongtennucleotideseuqencesnad23varibalesitesamong aminoac