基于生物芯片的背包问题DNA算法.pdfVIP

计算机科学2008Voi．35№．6 基于生物芯片的背包问题DNA算法¨ 朱莹1丁永生1’2李汪根1 (东华大学信息科学与技术学院 上海201620)1 (数字化纺织服装技术教育部工程研究中心 上海201620)2 摘要通过生物芯片上的DNA算法求解背包问题。先将给定问题的约束条件进行分解，然后将物品重量映射为 DNA序列，再依次在设计好的生物芯片上进行链接反应、凝胶电泳、探针检测和放射自显影，最后得到问题的解。本 文的工作是在生物芯片上实现DNA算法，求解优化问题的一次有益尝试。 关键词DNA计算，生物芯片，背包问题，链接反应，凝胶电泳，DNA探针，放射自显影 ProblemwithDNA BasedOn Knapsack AlgorithmBiochips ZHU DING LI Yin91 Yong-shen91’2Wang-genl ofInformationSciencesand 201620，China)1 (College Technology，Shanghai ResearchCenterof Textile＆Fashion ofEducation 201620，China)2 (Engineering Digitized Technology，MinistryDonghuaUniversity，Shanghai This DNA Ab曲raet focusesonthe tOsolvethe paper lab-on-a-chipcomputation Knapsack theconstraintofKPintoseveraldifferent some partition constraints．Secondly，wedesignoligonueleotidescorrespond— tOthe oftheitemsandother whichthecombinationsoftheitemscan weight ligation happenrandomly． ing splints，with a whichthere the detectionandauto— Thirdly，wedesignbiochip，on happensligation，GelElectrophoresis(GE)，probe in the solutionstOthe taketheinitiativeworkrealizingDNAal— radiograph．Finally。weget optimal givenproblem．We for researchon gorithrnoptimal biochips． DNA Keywords electrophoresis(GE)，DNAprobe，Auto— computing，Biochips，Knapsackproblem(1