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梅山猪ESR基因单体型分析 王起山1，潘玉春1，于丹丹1，陆林根2 (1．上海交通大学农业与生物学院，上海200240；2．上海市嘉定区梅山猪育种中心，上海201807) 摘要：梅山猪是我国优秀的保种资源，以繁殖力高闻名于世。本文以梅山猪保种群为特定研究对象，将建立的单体 型随机回归模型应用到梅山猪繁殖性状候选基因研究中去，指导猪场进行单体型辅助选择和辅助保种，以期加快其 体型ABB对各胎产仔数性状影响显著，单体型ABB对产仔数的效应值为一个平滑的曲线，且第1胎、11胎、12胎为 负效应，而第4到第7胎的单体型效应值较大。为便于遗传评估，将求出的单体型效应、剩余微效多基因的EBV值 进行排序。由排序结果得知，l至12胎育种值之和排序同hBB单体型效应值排序的顺序是不一致的，单独按照某个 指标筛选可能使优秀的个体被错误地筛选掉了。本研究采用综合排序结果充分考虑了显著影响产仔数的单体型ABB 的效应和剩余微效多基因的育种值效应，按照综合育种值排序可以制定相对较合理的选种和选配方案。 关键词：单体型：关联分析：随机回归 梅山猪在产仔数方面有着西方猪种和其他一些地方猪种无可比拟的优越性，因此被誉为“世界 级产仔冠军”，是一个世界公认的宝贵猪种遗传资源。上海市嘉定区梅山猪育种中心是农业部所确 定的国家级保种猪场，主要承担中型梅山猪的保种和选育任务。由于保种群体相对较小，因此在常 规保种方法之外，探索利用已有研究成果开展标记辅助保种和选育的方法尤为重要。 雌激素受体(estrogenreceptor，ESR)是类固醇受体家族的重要成员，也是配体激活转录因 子(1 igand—transcriptionfactor)的主要成员，具有转录调控蛋白的功能，影响着雌激素基因在 等H1表明，在含50％梅山猪血统的合成系母猪中，ESR基因尸叫I位点的BB基因型母猪比从型母 猪的研究表明，BB基因型母猪比从型母猪的头胎产仔数和活产仔数分别多1．2头／窝和0．9头／窝 因的加性效应为0．42头／胎。国内对ESR基因也做了大量研究，但研究结果并不完全一致。肖璐等 的特异性片段，而大白猪中只含有3．7kb片段，由此认为2．5kb片段是较理想的高繁殖力的遗传标 记，但是并未确定B等位基因就是高产仔数的主基冈或与主基因连锁。陈克飞等…表明，ESR基因 PvuII位点的多态性对我国的地方品种猪产仔数均有极显著影响，BB型母猪平均比从型母猪总产仔 姜曲海、梅山、二花脸母猪雌激素受体基因该位点的多态性。结果表明，ESR基因型间产仔数和活 资助基金项目：国家自然基金(No；国家高技术研究发展计划(2006AAl021E3)； 作者简介：王起山(1980．6--)，男，讲师，工学博士，研究方向：统计基因组学，生物信息学；潘玉春教授为本文 通讯作者。 9 头，经产胎次比从基因型分别多1．80和1．82头。李风娥等旧1的研究结果表明，猪不同品种间ESR 基因频率差异极显著(p0．01)。叶昌辉等“刚的试验发现，长白猪种群中ESR基囚只出现两种基因型， 殖性能上的正效应。柳淑芳[12]等研究表明，莱芜猪ESR基因从型母猪的总产仔数和活产仔数略高 于BB型母猪，但是差异不显著。目前，因ESR基因对产仔数的影响已经在某些特定的群体中得到证 实，所以已被作为遗传标记应用于MAS之中，例如PIC公司已经将其应用于大白猪母系群体的选育 中，并且有效地提高了核心群的繁殖力。但是另一方面，因ESR基因对产仔数的影响受群体的遗传 背景影响较大，有利基因的作用在不同群体中效果差异显著，因此对ESR基因的效应也需进一步验 证。 鉴于ESR基因的作用，为了有效完成梅山猪的保种与选育任务，于丹丹¨31检测了梅山猪育种中 态位点的联合作用进行合理而全面的分析，以期更进一步地弄清ESR基因的效应及其机理，并将其 应用到梅山猪的保种与选育中。 1材料与方法 1．1数据资料 对上海市嘉定区梅山猪育种中心梅山猪保种群的7头基础公猪和83头基础母猪的ESR基因 能记录(790窝数据)，包括产仔日期、总产仔数、活产仔数、初生窝重、40天断奶窝重等。 1．2单体型的推断 PL算法与PGS算法、EM算法和Clark算法在模拟数据与实验数据分析的比较显示，无论样本是否偏 离HWE状态，还是出现缺失数据，PL算法都可获得稳健估计”制。所以，在本研究中，梅山猪ESR基 因的单体型的推断采用Niu等的PL算法u引。 1．