高通量测序数据分析和临床诊断流程的解读.pdfVIP

中国循证儿科杂志　２０１５年２月第１０卷第１期 ·１９· ·讲座· ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７３５５０１．２０１５．０１．００３ 高通量测序数据分析和临床诊断流程的解读 １ ２ ３ ３ ４ ４ 黎籽秀 　刘　博 　徐凌丽 　杨　琳 　王慧君 　周文浩 　　高通量测序技术也称二代测序技 据分析和临床诊断流程（图１），包括测序数据预处理及变异检测、变异注释、 术，可以一次对几十至几百万条短序列 变异筛选和变异分类等，清晰地向临床医生展现了变异筛选过程的概况，使 片段同时进行测定。该技术的出现使研 研究者聚焦到更具有生物学意义、临床相关的变异，并为国内开展基于基因 究者可以对一个物种的基因组、转录组 组二代测序技术的遗传性疾病诊断思考提供了基本路线图。复旦大学附属 和表观遗传组进行全面的分析。基因组 儿科医院转化医学中心应用该流程分析了８７例多发畸形患儿的ＷＥＳ数据， 二代测序可用于对全基因组、全外显子 得到的候选变异经由遗传专科医生进行分析，检出的阳性率为２５％，与目前 组或感兴趣的特定区域进行序列测定。 认为ＷＥＳ的检出阳性率一致。 通常，基因组二代测序的目的是检测个 体基因组范围内的遗传变异，包括单碱 基变异（ＳＮＶｓ）、插入缺失变异（Ｉｎｄｅｌｓ）、 拷贝数变异（ＣＮＶｓ）和结构变异（ＳＶｓ）， ［１］ 并最终筛选出致病突变 。 近年来，基因组二代测序开始逐步 应用于临床分子诊断［２～８］，不仅能帮助 医生明确患者的遗传学病因，指导治疗 及判断预后，更重要的是可为遗传咨询 提供明确的指导。根据患儿及其父母的 遗传信息，可判断患儿致病成因是新生 突变还是遗传于父母，以此评估父母生 育下一胎时的疾病遗传风险，对家庭的 “优生”提供更好的指导。 基因组二代测序技术与传统分子检 测技术不同，可以同时对大量基因进行 检测，一次性获得海量的数据。因此，构 建一个基于遗传性疾病诊断需要的基因 图１　高通量测序数据分析和临床诊断流程 组二代测序数据分析流程，以期从众多 变异中筛选出潜在致病突变，显得尤为 １　测序数据预处理及变异检测 重要。复旦大学附属儿科医院转化医学 　　基因组二代测序初始数据是由荧光或电信号组成的图像信息，图像信息 中心团队在美国贝勒医学院人类与分子 可通过相应测序平台提供的软件经碱基识别（ＢａｓｅＣａｌｌｉｎｇ）转化成ＦＡＳＴＱ或 遗传系的学习、交流和指导下，通过参阅 ＦＡＳＴＡ格式的原始序列数据（Ｒａｗｄａｔａ）。Ｒａｗｄａｔａ去除接头以及低质量的 既往数据分析相关文献［１，２，９］以及建立流 ［１０］ 读序后，采用ＢＷＡ软件 将其定位到人类基因组的参考序列上，通过ｐｉｃａｒｄ 程的实际经验，建立一套高通量测序数 基金项目　上海市卫生局重要疾病攻关项目：２０１３ＺＹＪＢ００１５；上海市科委／医学领域重点项目子课题：１４４１１９５０４０２，１４ＤＪ１４００１０３；上海市卫 计委项目：沪卫计科教〔２０１３〕０１８号 作者单位　１复旦大学生物统计学与计算生物学系　上海，２００４３３；２华中农业大学　武汉，４３００７２；３复旦大学附属儿科医院　上海， ２０１１０２；４上海市出生缺陷防治重点实验室，复旦大学儿童发育与疾病转化医学研究中心，卫生部新生儿疾病重点实验室，复旦 大学附属儿科医院　上海，２０１１０２ 通讯作者　周文浩，Ｅｍａｉｌ：ｚｗｈｃｈｆｕ＠１２６．ｃｏｍ ·２０· ＣｈｉｎＪＥｖｉｄＢａｓ