马氏珠母贝转录组数据的重新组装.pdfVIP

第 35卷 第 6期 渔 业 科 学 进 展 Vo1．35，NO．6 2014年 12月 PR0GRESS IN FISHERY SCIENCES Dec．，2014 DOI：10．11758y／ykxjz http：／w／ww．yykxjz．crd 马氏珠母贝转录组数据的重新组装木 陈 琼 顾志峰 王爱民 战 欣 石耀华① f海南大学海洋学院 热带生物资源教育部重点实验室 海南省热带水生生物技术重点实验室 海 口 570228) 摘要 对本实验室和其他学者已经发表的马氏珠母贝外套膜和珍珠囊的454焦磷酸测序转录组数 据以及NCBI中的EST数据进行了重组装、同源序列比对和 GO注释分析。重组装获得了30266个 contig，平均长度 522bp，其中最长的contig为4144bp；NR数据库BLAST分析获取了2310个相似 性contig ≤10)，其中1902个在模式动物(人、小鼠、海胆、线虫、斑马鱼、果蝇或者太平洋牡 蛎和珠母贝)中可以查找到同源序列。基因注释(GO)结果表明，注释到生物学过程的3846个contig 可分为23个亚类，其中代谢过程蛋 白、细胞过程蛋 白和生物学调控蛋 白为contig数量最多的3个 亚类；注释到分子功能的4601个contig共分为 11个亚类，其中结合蛋白的contig数量最多，其次 是具有催化活性的蛋 白和结构分子活性蛋 白；注释到细胞成分的2992个 eontig分为 17个亚类，其 中细胞和细胞组成部分的contig数量最多，其次分别是细胞器和大分子复合体 contig数量。本研究 结果有助于开展外套膜和珍珠囊特异性表达基因的大规模筛选。 关键词 马氏珠母贝；外套膜；珍珠囊；转录组；454焦磷酸测序 中图分类号 $917 文献标识码 A 文章编号 1000．7075(2014)06．0097．06 马 氏珠母 贝又称合浦珠母 贝 (Pinctadafucata 交筛选等技术 已经鉴定了许多参与贝壳棱柱层和珍 martensiiDunker， fucata， martensii)，是我国培育 珠质层形成的矿化基因(Sudoetal，1997；Fangetal， 海水珍珠 的主要 贝类 (Guoetal，1999；王爱 民等， 2011)。尽管如此 ，贝壳的形成和生物矿化是一个多 2010；Wangetal，2011；顾志峰等，2012)。虽然马氏珠 基因控制的过程 ，筛选鉴定更多的矿化基因仍然是很 母贝贝壳 内部的珍珠质层和外部的棱柱层均 由碳酸 有必要的基础性工作。为此，应用第二代测序技术对 钙组成 ，但是棱柱层是无光泽的方解石 ，而紧邻内部 参与马氏珠母贝贝壳和珍珠形成的外套膜及珍珠囊 的珍珠质层则是有光泽的文石(Zhanetal，2013)。马 开展 了较多的大规模转录组测序 (Kinoshitaetal， 氏珠母贝可以培育海水游离珍珠 ，因而是研究生物矿 2011；Zhao etal，2012；Shietal，2013；Zhan etal， 化的理想模式生物。马氏珠母贝贝壳的文石和方解石 2013)。基于经费等方面的制约，虽然测序数据量已 中均含有不超过 5％的以蛋 白质为主的生物大分子 ， 经很多，但并不是很完整，每个报道 中均有较多的 其在贝壳的形成中发挥着关键性作用 (Belcheretal， singleton，组装后的contig序列长度也较短，而且没 1996；Joubertetal，2010)。因此 ，这些决定贝壳形成 有采用他人已经发表的数据。因此 ，本研究对 已经发 的蛋 白质基因即矿化基因的筛选是阐明贝壳生物矿 表的 454测序技术获取的马氏珠母贝的珍珠囊和外 化形成机理的前提与基础。 套膜 的转录组数据以及NCBI中马氏珠母贝EST数据 采用贝壳和珍珠的蛋 白质成分分析、抑制差减杂