利用生物信息学段对糖尿病和前驱糖尿病进行判别分析的相关研究.pdfVIP

A Dissertation Submitted in Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of Master in Medicine A research on the discriminant analysis of diabetes and prediabetes by the method of bioinformatics Master Candidate ： Liu Chang Major ： Public Health Supervisor ： Prof. Deng Youping Wuhan University of Science and Technology Wuhan, Hubei 430081, P.R.China June, 2015 万方数据 万方数据 摘 要 目的 II 型糖尿病(T2D)是一种世界性的疾病。据估计，全世界有 3.47 亿人患有糖尿 病。因此本研究探讨用全血白细胞分子谱系的方法来鉴别、正常人和前驱糖尿病 患者的可行性，试图找出差异性基因来更深层次的研究糖尿病的发病机制。 方法 总共收集了 167 个血液样本，其中包括 T2D 患者 87 人，正常人 56 人，前驱 糖尿病患者 24 人。T2D 诊断标准为体重指数（Body mass index, BMI ）明显增高以 及空腹血糖含量大于 126mg/dl，或口服葡萄糖耐量实验中 2h 血糖含量大于 200mg/dl 。用含约 20,000 个基因的安捷伦 Oligo 芯片对所有样本进行基因表达谱分 析。用 Gene Spring 10.0 软件对基因芯片数据进行分析，找到倍数变化值大于 2 ，p 值小于 0.05 的基因，并利用 DAVID 在线分析工具对差异基因进行染色体定位和功 能分析。用 spss16.0 整合样本的所有参数构建判别模型，最后用判别模型对样本进 行分类。 结果 倍数变化值大于 2 的基因有79 个，差异基因染色体定位分析发现 1 个差异基 因未知其定位，其余 78 个差异基因在 1 号染色体上分布最多，有 9 个，其次有 7 个差异基因在 2 染色体上。从差异基因功能分类看，调控细胞增殖的差异基因最 多。79 个差异基因结合年龄、性别、种族共 82 个参数，得出最优判别模型，该模 型可以确认 95.1%的样本，其中T2D 组正确率 95.9%，正常对照组正确率 91.5%， 前驱糖尿病组正确率 100%。 结论 差异基因散在分布于各染色体，以 1、2 号染色体最多。调控细胞增殖的差 异基因在 T2D 发生过程中发挥重要作用。本实验用 79 个基因结合年龄、性别、种 族构建的模型是可以较好的区分 T2D、正常人和前驱糖尿病患者，这将为糖尿病 的机制相关研究或治疗提供新的理论依据。 关键词：2 型糖尿病；前驱糖尿病；基因表达；基因本体学分析；判别分析 I 万方数据 Abstract Objective: Type II diabetic (T2D) is a world-wide disease. Acc