DNA序列分析。资料讲解.pptVIP

西南大学生物技术专业 基因工程 * 西南大学生物技术专业 基因工程 * 西南大学生物技术专业 基因工程 * 西南大学生物技术专业 基因工程 * 西南大学生物技术专业 基因工程 * 西南大学生物技术专业 基因工程 * 八、DNA和蛋白结构预测 西南大学生物技术专业 基因工程 * 西南大学生物技术专业 基因工程 * 西南大学生物技术专业 基因工程 * 人有了知识，就会具备各种分析能力， 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书，广泛阅读， 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识， 培养逻辑思维能力； 通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平， 培养文学情趣； 通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操， 给我们巨大的精神力量， 鼓舞我们前进。 * * * /department/criminal_investigation/products/dna/（来源） * ddNTPs参与下的DNA复制 Sanger法测序产物的平均链长取决于ddNTP与dNTP的比例，比例高时，得到较短的产物； Gel Electrophoresis DNA Fragment Size Determination DNA 带负电 DNA在电泳胶中的迁移率与其片段大小有关 Sanger第二步：荧光检测 除核苷酸序列文本文件外，全自动测序仪还提供曲线图。 DNA片断序列测定的策略 测定未知序列的DNA片断 一次测序结果有长度限制（﹤1000bp) 通用引物指导未知序列的测定 引物步移 随机克隆测序 缺失克隆测序 通用引物指导未知序列的测定 根据载体序列设计通用引物测定待测DNA片断 引物步移策略 将待测DNA片断克隆在质粒载体上，利用引物步移延伸，从DNA片断的一端开始逐步进行序列测定，直至另一端为止。 克服了鸟枪法的盲目性，并省去亚克隆制备步骤，也减轻了数据分析工作量。 但由于测定下一段序列前要预先知道上游序列的碱基顺序，才能合成适当的引物进行测序。 定向缺失克隆策略、染色体步查法等。 鸟枪测序法(shotgun sequencing)：随机克隆测序 将待测的DNA片段随机打断并构建随机重叠克隆文库，然后通过通用引物测定每个克隆中的待测DNA序列。当这些已测序列的数量达到一定程度后，相当于待测DNA片断的每一部位的序列也就被测定出来了，通过这些所测序列之间的重叠部分，最终可将整个DNA片断的序列拼接出来，这样的测序策略称为随机克隆测序。    将DNA大片段切割成小片段的三种方法： 限制性内切酶酶切 超声波处理 DNA酶I降解(加Mn2+) 鸟枪法测序的缺点 随着所测基因组总量增大，所需测序的片段大量增加，造成重复测定，也易丢失某些序列，且数据处理分析工作量大。 高等真核生物（如人类）基因组中有大量重复序列，导致判断失误。 完整基因组的测序过程一般包括三个步骤： （1）建立克隆的物理图谱：如酵母人工染色体YAC（Yeast Artificial Chromosome）克隆、细菌人工染色体BAC（Bacterial Artificial Chromosome）克隆等； （2）利用鸟枪法（Shotgun Strategy）测定每个克隆的序列； （3）序列拼装和注释：当得到一段DNA序列之后，可以利用序列分析工具，进行序列的拼接；继而通过与数据库序列的比较，得到与该序列相关的信息，如基因、调控元件、重复区域等，进而对序列的生物学特性进行注释。 基因组测序 DNA全序列 切成小段 小段和载体结合 结合后进行测序 Map fragments Sequence overlappingfragments Assembledsequence 基因组DNA序列测定示意图 通过随机剪切得到的大分子DNA片段克隆到载体上。绘制出这些重叠片段的图谱，并对重叠片段进行测序，通过“拼装”得到基因组序列。另一种方法不是根据片段的染色体位置，而是根据其重叠部分进行“拼装”。 Sequence all fragments and assemble 四、大规模DNA测序的趋势－自动化 DNA测序实现规模化的重要条件是自动化和机械化。目前，DNA制备、克隆文库组建及筛选、DNA测序分析、数据的分析获得、碱基序列阅读、重叠克隆群顺序排定等过程 均已平行发展，自动化操作紧随其后。随着DNA测序不断由半自动化向自动化过渡，原始数据积累将不成问题，关键是把全基因的散测序组装起来，以实现DNA测序的完整性。目前，在亚克隆筛选、模板制备、测序反应、碱基阅读等方面均在一定程度上实现了自动化。 1、克隆筛选 从亚克隆文库中寻找