16型人乳头瘤病毒分布特征及其E6%2fE7基因多态性的分析.docVIP

１６型人乳头瘤病毒分布特征及其Ｅ６／Ｅ７基因多态性分析 余南辜为为刘红娥孙洪青陈晶砺  广州经济技术开发区医院生物中心实验室  广东广州５１０７３０  【摘要】目的：研究人乳头瘤病毒１６型分布特征，分析其旱基因Ｅ６／Ｅ７的编码区序列的 多态性。方法：通过导流杂交基因芯片技术检测宫颈脱落细胞了解人乳头瘤病毒１６型感染在妇 检人群中的分布；通过特异性扩增技术获取人乳头瘤病毒１６型早基因Ｅ６／Ｅ７的编码区序列，克 隆测序并对序列进行多态性分析。结果：通过导流杂交基因芯片技术进行宫颈脱落细胞的分 型检测结果８０６例样本获得了ＨＰＶｌ６型感染阳性标本３６例（４．５％），其中１８例（５０．０％）宫颈 细胞发生高度以上病变；选择其中７例阳性标本（４例低度以下病变，３例高度以上病变或浸润 癌）核酸为模板，通过特异性引物均成功扩增出大小约９００ｂｐ的目的序列；经过克隆并测序， 得到早表达基因Ｅ６／Ｅ７的编码区序列：多态性分析显示７条序列与ＧｅｎＢａｎｋ参考序列Ｋ０２７１８的 Ｅ６／Ｅ７编码区序列一致性大于９９％，存在１５种碱基置换，其中７种为同义突变，另８种则可 引起所编码氨基酸残基的改变。结论：在１７－６２年龄妇女中ＨＰＶｌ６型感染阳性发生率约４．５％， 受感染者中半数发生高度以上宫颈病变；多重比对分析得到Ｅ６／Ｅ７编码区１５种碱基置换。Ｅ６编 码区的Ｄ３２Ｅ、Ｈ８５Ｙ和Ｐ１０２Ｌ及Ｅ７编码区的Ｎ２９Ｓ多次出现。 【关键词１人乳头瘤病毒： 早基因Ｅ６／Ｅ７； 编码区序列； 变异  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＨＰＶ ｔｙｐｅ １６ ａｎｄ ｔｈｅ ｖａｒｉｅｔｙ ｏｆ Ｅ６／Ｅ７ Ｃｏｄｉｎｇ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ＹＵ Ｎａｎ ＧＵ Ｗｅｉ－ｗｅｉ ＬＩＵ Ｈｏｎｇ－ｅ ＳＵＮ Ｈｏｎｇ－ｑｉｎｇ ＧＥＴＤＤ Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ ５１０７３０，Ｃｈｉｎａ  Ｒｄ．Ｙｏｕｙｉ １９６８，ＧＥＴＤＤ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ  ５１０７３０，Ｃｈｉｎ＆  【Ａｂｓｔｒａｃｔ】Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ：Ｔｏ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅ  ｔｈｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉＵｏｍａｖｉｒｕｓ（ＨＰＶ）ｔｙｐｅ  １６ ａｎｄ ｔｈｅ ｖａｒｉｅｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｅ６／Ｅ７．Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ｆｌｏｗ—ｔｈｒｏｕｇｈ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｇｅｎｅ ｃｈｉｐｓ ｗｅｒｅ ａｐｐｌｉ ｅｄ ｉｎ ＨＰＶ ｓｕｂｔｙｐｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ  ｓｃｒｅｅｎ ｏｕｔ ＨＰＶ ｔｙｐｅ １ ６ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｓａｍｐｌｅｓ ｆｒｏｍ ｃｅｒｖｉｃａｌ ｅｐｉｔｈｅｌｉｕｍ ｓａｍｐｌｅｓ．ＨＰＶ ｔｙｐｅ １６ Ｅ６／Ｅ７ ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｗｅｒｅ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｔｈｒｏｕｇｈ ＰＣＲ ｗｉｔｈ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｉｍｅｒｓ．Ｔｈｅ ＰＣＲ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｗｅｒｅ ｐｕｒｉｆｉｅｄ ａｎｄ ｔｈｅ Ｅ６／Ｅ７ ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｗｅｒｅ ｃｌｏｎｅｄ ｉｎｔｏ ｐＭＤ Ｉ ８－Ｔ ｖｅｃｔｏｒｓ ａｎｄ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ ｔｈｒｏｕｇｈ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｖａｒｉａｎｃｅｓ ａｎａｌｙｓｅｓ ｗｅｒｅ ｐｅｒ－ ｆｏｒｍｅｄ ｔｈｒｏｕｇｈ ａｌｉｇｎ ｔｏｏｌｓ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ＢＬＡＳＴ ａｎｄ ＤＮＡＳｔａｒ．Ｒｅｓｕｌｔｓ：Ｔｈｉｒｔｙ－ｓｉｘ（４．５％）ＨＰＶ ｔｙｐｅ ｌ６ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｓａｍｐｌｅｓ ｗｅｒｅ ｓｃｒｅｅｎｅｄ ｏｕｔ ｔｈｒｏｕｇｈ ｆｌｏｗ－ｔｈｒｏｕｇｈ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ８０６ ｃｅｒｖｉｃａｌ ｅｐｉｔｈｅｌｉｕｍ ｓａｍｐｌｅｓ．ＨＩＬ ａｎｄ ａｂｏｖｅ ｈａｐｐｅｎｅｄ ｉｎ １ ８（５０．Ｏ％１ ｏｆ ｔｈｅ ＨＰＶ １ ６ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｓｅｖｅｎ ｏｆ ｔ．ｈｅｍ ｗｅｒｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｆｏｒ Ｅ６，Ｅ７ 【基金项目】广州市医药卫生科技基金资助项目（２００７一ＹＢ一２５３），广州经济技术开发区科技项目（２００８Ｑ— Ｐ０５５ ｏ【通讯作者（简介）ｌ余南．女，病原生物学专业博士，高级实验师。研究方向：分子生物学与病原生 物学。Ｅ－ｍａｉｌ：ｙｕｎａｎ８６＠１２６．ｃ咖 １０５ ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｅａｃｈ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｐｒｏｄｕｃｅｄ  ｏｎｅ  ｆｒａｇｍｅｎｔ ｗｉｔｈ ｓｉｚｅ ｏｆ ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ ９００ ｂｐ． Ｗｅ ｇｏｔ ａｌｌ