第九章基因组和比较基因组学.ppt

人类基因组计划的成果是多方面的，主要体现在鉴定基因的四张图上。 遗传图（Genetic Map） 又称连锁图（Linkage Map），是指基因或DNA标记在染色体上的相对位置与遗传距离，通常以基因或DNA片段中染色体交换过程中的分离频率厘摩（cM）来表示，cM值越大，两者之间距离越远。 遗传图谱 转录图谱 0.7 cM 或 kb 序列图谱 物理图谱 100 kb STS map 产生配子的减数分裂过程中，亲代同“号”的父源或母源染色体既能相互配对也可能发生片段互换，而父母源染色体等位基因互换导致子代出现DNA“重组”的频率与这两个位点之间的距离呈正相关，所以，用两个位点之间的交换或重组频率来表示其“遗传学距离”。 由于不能对人类进行“选择性”婚配，而且人类子代个体数量有限、世代寿命较长，呈共显多态性的蛋白质数量不多，等位基因的数量不多。如果只用已知定位的少数几个基因作遗传标记，由于遗传标记的数目太少，很难绘制完整的连锁图。DNA技术的建立为人类提供了大量新的遗传标记。 DNA分子标记 简称分子标记，以DNA序列的多态性作为遗传标记。 不受时间和环境的限制 遍布整个基因组，数量无限 不影响性状表达 自然存在的变异丰富，多态性好 共显性，能鉴别纯合体和杂合体 优点 多态性：人的DNA序列上平均每几百个碱基会出现一些变异，并按照孟德尔遗传规律由亲代传给子代，从而在不同个体间表现出不同，因而被称为多态性（Polymorphism）。 RFLP （Restriction Fragment Length Polymorphism） DNA序列上的微小变化，甚至1个核苷酸对变化，也能引起选择性内切酶切点的丢失或产生，导致酶切片段长度的变化。 第一代DNA遗传标记 由于核苷酸序列的改变遍及整个基因组，特别是进化中选择压力不是很大的非编码序列之中，RFLP的出现频率远远超过了经典的蛋白质多态性。而且，只要选择得当，生物体内出现共显性RFLP及RAPD分子标记的频率较高。 第二代DNA遗传标记利用率存在于人类基因组中的大量重复序列 重复单位长度在15-65个核苷酸左右的小卫星DNA，重复单位长度在2-6个核苷酸之间的微卫星DNA，又称简短串联重复（STR、STRP或SSLP，short tandem repeat polymorphism或者simple sequence length polymorphism）。 SSLP markers分子标记中的显性和共显多态性分子机制。图中第一种类型是最常见的显性多态性标记，第2，3，4类都是共显性标记。 → ：引物 W：野生型 M：突变型 STRP的优点是“多态性”与“高频率”。 由于（A）n，（CA）n，（CGG）n等短重复序列在进化上不受选择，在同一位点上可重复单位数量变化很大，配对时又容易产生“错配”，使这样的位点遍布于整个基因组。 已有5264个STRP为主体的遗传标记“连锁图”，平均分辨率已达600kb，其中第17号染色体上平均每495 kb有一个标记，第9号染色体上平均每767 kb有一个标记，整个基因组中只有三处标记间距大于4Mb。 人类基因组微卫星遗传标记图 真核生物基因组中的DNA重复序列主要有哪些类型？简要说明基因组重复序列可能的生物学意义以及基因组重复序列在分子标记研究中的应用。 （12分）中国科学院2002年硕士学位研究生入学分子遗传学试题 第三代多态性标记： 单核苷酸的多态性（single nucleotide polymorphism，SNP） SNP：是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。 1998年 一批科学家在美国罗克威尔（Rockville）组建塞莱拉遗传公司，与国际人类基因组计划展开竞争。 1998年12月 一种小线虫完整基因组序列的测定工作宣告完成，这是科学家第一次绘出多细胞动物的基因组图谱。 1999年9月 中国获准加入人类基因组计划，负责测定人类基因组全部序列的1%。中国是继美、英、日、德、法之后第6个国际人类基因组计划参与过，也是参与这一计划的唯一发展中国家。 1999年12月1日 国际人类基因组计划联合研究小组宣告，完整破译出人体第22对染色体的遗传密码，这是人类首次成功地完成人体染色体完整基因序列的测定。 2000年4月6日 美国塞莱拉公司宣布破译出一名实验者的完整密码，但遭到不少科学家的质疑。 2000年4月底 中国科学家按照国际人类基因组计划的部署，完成了1%人类基因组的工作框架图。 2000年5月8日 德、日等国科学家宣布，已基本完成了人体第21对染色体的测序工作。 2000年6月26日 科学家公布人类基因组工作草图，标志着人类在解读自身“生命之书”的路上迈出了重要一步。 2000年12月14日 美英等