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分析小鼠糖皮质激素诱导的肿瘤坏死因子受体近 　　近年来研究发现肿瘤坏死因子受体( tumornecrosis factor receptor，TNFR) 超家族成员与其相应的配体之间相互作用，可以作为共刺激信号在T 细胞应答中发挥重要的功能。Nocentini 等利用地塞米松处理小鼠T 淋巴细胞杂交瘤细胞，经差异显示技术分析发现一新基因，称为糖皮质激素诱导的TNFR 相关基因，其编码的蛋白为糖皮质激素诱导的TNFR 相关蛋白( glucocorticoid-induced TNFR-relatedprotein，GITR) ，GITR 属于TNFR 超家族第18 个成员( tumor necrosis factor receptor super family member 18，TNFRSF18)。研究发现，GITR 与其相应的配体( GITR ligand，GITRL) 在胶原蛋白诱导的关节炎( collagen-induced arthritis，CIA)和实验性自身免疫甲状腺炎( experimental autoimmune thyroiditis，EAT)等小鼠模型中发挥着一定的作用。本实验利用生物信息学分析方法和DNAMAN等生物学软件，对小鼠GITR( mouse GITR，mGITR) 氨基酸序列进行相关分析，为进一步克隆表达和功能研究奠定基础。 　　1 材料和方法 　　1. 1 GITR 氨基酸序列信息的获取 　　利用PubMed 数据库搜索小鼠、牛、狼犬、绒毛猴、人和斑马鱼等不同物种GITR 氨基酸序列并获取相关信息。 　　1. 2 蛋白结构及功能分析 　　预测在NCBI 中利用Map ViewerHome 平台( http: / /www. ncbi. nlm. nih. gov /mapview/) 预测mGITR 基因的染色体定位。利用DNAMAN 软件分析小鼠、牛、狼犬、绒毛猴、人和斑马鱼等不同物种GITR 氨基酸序列的同源性。利用CBS 系统中SignalP 4. 1 server 平台( http: / /www. cbs. dtu. dk /services /SignalP/) 预测mGITR 蛋白信号肽序列，利用NPSA 系统中PHDhtm Transmembrane Helices Prediction平台( http: / /npsa-pbil. ibcp. fr /cgi-bin /npsa _ automat. pl?page = /NPSA/npsa_htm. html) 预测mGITR 蛋白跨膜区序列。在Expasy 平台( http: / /web. expasy. org /protscale /) 中利用Hopp amp; Woods 方案、Janin 方案、Zimmerman 方案、Averageflexibility 参数、Relative mutability 参数和Bulkiness 参数分别预测mGITR 蛋白的亲水性、可及性、极性、柔韧性、相对突变性和松散性。利用CBS 系统中NetNGlyc 1. 0 Server 平台( http: / /www. cbs. dtu. dk /services /NetNGlyc /) 预测mGITR 蛋白N 端的糖基化位点; NetPhos 2. 0 Server 平台( http: / /www.cbs. dtu. dk /services /NetPhos /) 预测mGITR 蛋白丝氨酸、苏氨酸及酪氨酸的磷酸化位点。 　　2 结果 　　2. 1 小鼠GITR 氨基酸序列 　　获自PubMed 的小鼠GITR 氨基酸序列( GenBank 序列号为ADB93077) :MGAWAMLYGVSMLCVLDLGQPSVVEEPGCGPGKVQNGSGNNTRCCSLYAPGKEDCPKERCICVTPEYHCGDPQCKICKHYPCQPGQRVESQGDIVFGFRCVACAMGTFSAGRDGHCRLWTNCSQFGFLTMFPGNKTHNAVCIPEPLPTEQYGHLTVIFLVMAACIFFLTTVQLGLHIWQLRRQHMCPRETQPFAEVQLSAEDACSFQFPEEERGEQTEEKCHLGGRWP。其他物种GITR 蛋白氨基酸序列GenBank 序列号信息如下: 牛( ADB93077) ，绒毛猴( ACT80311 ) ， 狼犬( ADB96918 ) ， 斑马鱼( NP _001106996) ，人( AAI52382) 。 　　2. 2 mGITR 基因的染色体定位 　　利用Map ViewerHome