(遗传与优生学）4.产前筛查.ppt

核心平台 全球最大的基因组研究中心 生物信息中心 核酸质谱平台-1台Sequnom Sanger测序平台-12台ABI3730 新一代基因组测序平台-128台HiSeq 蛋白质组质谱平台-5台QTRAP? 5500 新一代基因组测序平台-27台SOLID ???运算能力? 总?计 处理器数 10000 内存容量 20?TB 存储容量 10?PB 峰值能力 102?T flops 数据产出: 5Tb/day（大约1500个人全基因组/天） 致 谢 深圳市卫生与人口计划生育委员会 深圳市人民医院 珠海市妇幼保健院 深圳市第二人民医院 深圳市妇幼保健院 江门市中心医院 北京大学深圳医院 香港中文大学威尔斯亲王医院 首都医科大学附属北京妇产医院 中国人民解放军总医院 第三军医大学附属西南医院 上海市第一妇婴保健院 湖北省妇幼保健院 中信湘雅生殖与遗传专科医院 浙江大学附属妇产医院 南京市妇幼保健院 …… 期待与各位专家在以下领域开展科研及临床合作！ 胎儿“染色体非整倍体”无创基因检测 染色体微缺失和微重复检测 同卵双胎及异卵双胎研究 胎儿DNA浓度与早产及妊高症的关联研究 单基因遗传病的检测 植入前诊断-单细胞全基因组测序 谢谢大家！ 自1997年以来，全世界的医学家和科学家在这个领域进着不同角度、不同方法的探索。08年技术研发，并与各大知名医院开展临床预测试。 * * 通过测序获得每条染色体真实的核酸片段信息 * 覆盖深度：用于表达血浆DNA分子来源于某条染色体上的量的多少；若胎儿在某条染色体上有异常，那么样品在那条染色体上的量也会与正常人群表现不一致。 关联t值：数据修正过后的关联t值，核心数据服从正态分布，t统计量可用于假设检验，检验样品值是否服从相应t分布。 L值：对数似然比值，表示患病的可能性，值越大表示患病的可能性越大，值越小，表示患病的可能性越小。 * * 这例是深圳市人民医院的样本，由于未拿到补充数据。故“唐筛结果”不详。 * * * 质控体系建立 质控指标1 图1 不同胎儿DNA浓度所需数据量 测序数据量 孕妇外周血胎儿DNA含量存在个体差异， 5-10%，平均7.5%。 目前的测序数据量可以准确的检测出胎儿DNA含量≥3.5%的样本。 图2 测序质量值分布 2 测序质量 要求其每个碱基位置的平均质量值≥30。 * 质控指标2 3 数据一致性 用于衡量本批次数据是否与标准参照样数据一致。一致则可以进行下一步分析，不一致则说明本批次数据可能由于某因素造成较大偏差，需要重新实验。 图3 数据量的一致性分析 4 GC碱基含量 待测样本的GC碱基含量，必需分布在标准参照样数据范围之内。 图4 GC碱基含量分析 4 临床试验 深圳市人民医院 深圳市妇幼保健院 珠海市妇幼保健院 临床试验流程 签署知情同意书、血样采集、编码（共计3177例） 胎儿“染色体非整倍体” 无创基因检测 羊水/脐血核型分析 （共计1198例） 判断结果 判定结果为假阴/阳性 判定结果为真阴/阳性 统计数据分析，编制“临床试验研究报告” 一致 不一致 双盲试验 临床试验阶段，3177例样本基本情况 中位数或% 范围或例数 年龄(岁) 31.5 18-45 孕周(周) 17w+4 7w+6- 37w+4 年龄≧35岁 18.16% 577/3177 进行产筛 62.95% 2000/3177 产筛高危 11.45% 229/2000 胎儿细胞核型分析 37.71% 1198/3177 胎儿细胞FISH分析 0.03% 1/3177 样本概述 临床试验结果 3177例临床试验样本进行无创检测、产筛、核型检查及回访情况一览表 孕周 无创检测例数 无创检测结果 产筛结果 核型结果 回访结果 T21 T18 未检出T21和T18 高危 低危 未做 总例数 结果 相符 结果 不符 回访 例数 符合 不符 胎死 宫内 7-11w+6 66 1 0 65 4 51 11 7 7 0 40 40 0 0 12-15w+6 527 1 2 524 96 384 47 25 25 0 114 114 0 0 16-20w 1207 9 5 1193 60 708 439 466 465 1 32 32 0 0 20w+1 -24w 565 13 4 548 32 64 469 519 519 0 19 18 0 1 24w+1-39w 128 5 5 118 0 10 118 117 117 0 10 10 0 0 小计 2493 29 16 2448 192 1217 1084 1134 1133 1 215 214 0 1 不详 684 10 2 672 37 554 93 64 64 0 42