01-1-生物信息学概述(上).pptx

第一章 生物信息学概述Introduction to Bioinformatics中国海洋大学生命学院汪小龙xiaolong@本章内容生物信息学发展的背景生物信息学的含义生物信息学的研究内容生物信息学的应用与发展研究与生物信息学关系密切的学科一、生物信息学发展的背景在20世纪60-70年代，生物信息学的最重要的一些算法已被提出，生物计算和理论研究已成雏形。 1987 年，被誉为“生物信息学之父”的林华安博士为这一领域定下Bioinformatics这一称谓。Bioinformatics一词1991年才在文献中出现。1990年，发起世界第一届国际Bioinformatics学术会议。 1990年人类基因组计划（Human genome project)启动促使生物信息学兴起，形成了一门新的交叉学科。人类基因组计划（Human genome project，HGP)人类基因组的作图与测序1985美国能源部(DOE)首先提出1990年由美国能源部(DOE)，以及美国国立卫生研究院(NIH)支持启动 美国，英国，法国，德国，日本共同参加人基因组的大规模测序中国1999年7月正式承担人基因组的1%的测序工作。研究目标拟在15年内至少投入30亿美元，完成对人基因组30亿个碱基对的顺序分析，完成对人基因组中全部碱基定位，并开展模式生物基因组研究。“What’s Human Genome Project?”“One base One dollar!” - by a taxi driver (and a tax payer)HGP主要研究内容及目的人类基因组的基因图谱构建;序列分析；人类基因的鉴定；基因组研究技术的建立；数据库等信息系统的建立。Celera公司成立1998年著名遗传学家Graig Venter 脱离他领导的人类基因组研究所，与世界上最大的DNA自动测序仪器制造商Perkin-Elmer合作成立Celera公司，宣布将投入3亿美元，独立在3年时间完成全部基因组测序 Venter：We believed that /wiki/Shotgun_sequencingshotgun sequencing was the fastest and most effective way to get useful human genome data.[10]The method was controversial however, since most geneticists felt it would not be accurate enough for a genome as complicated as the human [11]. Frustrated with what Venter viewed as the slow pace of progress in the Human Genome Project, and unable to get funds for his ideas, he sought funding from the private sector to found /wiki/Celera_GenomicsCelera Genomics.In 2000 Venter and /wiki/Francis_Collins_(geneticist)Francis Collins of the /wiki/National_Institute_of_HealthNational Institute of Health and U.S. Public Genome Project jointly made the announcement of the mapping of the human genome in 2000, a full three years ahead of the expected end of the Public Genome Program.2001年2月12日美、英、日、法、德、中六国科学家，以及Celera 公司联合公布人类基因组图谱，及初步分析结果NATURE | VOL 409 | 15 FEBRUARY 2001 |SCIENCE| Vol 291 | 16 FEBRUARY 2001Nature 和Science 2001年2月15日和16日人类基因组专刊封面。Science封面中的五位成年人分别为Celera公司人类基因组测序计划基因材料的提供者。2005年，在《Nature》上，Margulies等人发表文章介绍了一种快速简单的测序方法：结合了DNA扩增的乳胶系统(emulsion system)和皮升级焦磷酸(pyrophosphate)为基础的测序方法——焦磷酸测序(p