第二章微生物分类与鉴定 .ppt

* * 数值分类的基本步骤 计算两菌株间的相似系数 Ssm = SJ = 列出相似度矩阵 将矩阵图转换成树状图 a+d a+b+c+d a a+b+c * * * * 五、微生物的鉴定 1. 主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴定手册 2. 鉴定技术的不同水平： 细胞的形态和习性：形态特征、运动、酶反应、营养要求及生长条件等 细胞组分水平：细胞壁成分、氨基酸库、脂类、醌类、光合色素等的分析 蛋白质水平：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学反应等 基因或DNA水平：核酸分子杂交(DNA探针. PCR)、（G+C）mol%、转化和转导、16S rRNA寡核苷酸族分分析、DNA或RNA核苷酸序列分析等 * * 16S rRNA特点： Woese C.R 之所以于1997年 选择细菌的核糖体小亚基16SrRNA 核苷酸序列作为研究原核生物系统发育的工具，是因其具备如下特点: ① 16SrRNA存在于所有生物中并执行相同的功能—合成蛋白质。 ② 进化相对保守，分子序列变化缓慢，能跨越整个生命进化过程—具有生物分子计时器特点，素有细菌“活化石”之称。 ③ 分子中含有进化带度不同的区域，可用于进化程度不同的生物之间的系统发育研究。 ④ 16S rRNA非常适合作为研究生物进化和系统发育的工具。 ⑤ 微生物的16S rRNA可从样品中直接提取，分析、比较其序列，进而确定其家族树中位置，克服了传统微生物学只能研究“可培养”微生物。(许多古细菌目前还不能人工培养，也是依据这种方法分类的。) * * 细 菌 域 Domain bacteria 古（生）菌 域 Domain archaea 真 核 生 物 域 Domain eukary ot a 紫色细菌 线粒体 甲烷球菌属 甲烷杆菌属 真菌 植物 叶绿体 革兰氏阳性细菌 甲烷八叠球菌属 极端嗜盐菌 动物 蓝细菌 无硫绿细菌 热球菌属 伪变形虫 纤毛虫 黄杆菌 栖热胞菌属 热网菌属 热变形细菌 粘菌 鞭毛虫 产液菌属 微孢子 毛滴虫 双滴虫（假滴虫属） -------------- 生物总系统发育树 （根据16S rRNA 序列比较绘制，引自《布氏微生物学》 2000） * * 微生物的快速鉴定和自动化分析技术 1.微量生化系统检测 如商品化的API系统 (API-20)、Enterotube等鉴定系统。 2. 快速、自动化微生物检测仪器和设备: 阻抗测定仪、放射测量仪、微量量热计、生物发光测定仪、药敏测定仪、自动微生物检测仪。 * * API系统(Analytab Products Inc) 酶作用物和指示剂 (用蒸馏水制备) (塑料板上有20个小杯,于35℃20、24h 取出观察颜色, 据厂方提供的图表判定 菌株的属种。) API20E用于肠道菌检验; API20A鉴定厌氧菌; API20C鉴定酵母菌 ; API zym鉴定链球菌放线菌和胨球菌等。 API50鉴定API20E不能鉴定的菌株。 * * * * Enterotube系统 分别装有不同酶作用物和指示剂 该装置可做下列15种试验：葡萄糖产酸产气，赖氨酸和鸟氨酸脱羧酶，硫化氢，靛基质，乳糖和卫矛醇发酵，苯丙氨酸脱氨酶，尿素酶和柠檬酸盐,侧金盏花醇、阿拉伯糖、山梨醇和V.P试验等试验。查阅专门设计的结果判定表。 * * * * 六、微生物的常用分类系统 细菌： 《伯杰氏细菌鉴定手册》（第八、第九版）、 《伯杰氏系统细菌学手册》（第一版）。普雷沃（法）“细菌分类”。 放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表。克拉西里尼可夫（前苏联）“细菌放线菌分类手册”。瓦克斯曼（美）“放线菌分类”。 真菌：Smith、 Alexopoulos 、 Ainsworth的分类系统 * * 伯杰氏细菌分类系统 《伯杰氏细菌鉴定手册》是细菌分类系统的综合和标准，由美国细菌学家协会（现称美国微生物学会）发起编写的，最初指定David H.Bergey作为编委会主席，在1923年出版了手册的第一版，相继在1925、1930、1934、1939、1948、1957、1994年出版了第二至