三个新玉米SnRK2基因鉴定和特征分析.docVIP

三个新的玉米SnRK2基因的鉴定和特征分析 　　摘 要:利用比较基因组学的方法从玉米的基因组中鉴定出三个新的SnRK2基因,并对这三个基因的外显子-内含子结构、蛋白基序、遗传进化以及上游顺式调控元件进行了分析,为进一步研究它们在玉米逆境应答中的功能和利用它们进行玉米分子育种奠定了基础。 　　关键词:玉米;SnRK2基因;比较基因组学;特征分析 　　中图分类号:Q785 文献标识号:A 文章编号:1001-4942(2009)12-0007-05 　　 　　植物在生长发育过程中经常遇到不良的环境条件如干旱、盐胁迫、低温或高温的影响。为了生存,植物进化出复杂的生理和遗传机制来感受外部刺激并对逆境做出响应[24]。阐明植物逆境胁迫的抗性机制和提高作物在各种胁迫条件下的抗性水平是各国科学家研究的主要目标。已有研究表明,植物SNF1相关蛋白激酶家族基因参与了植物的多种逆境响应和生长发育过程[2～4,6,7,9,14,21,23,25]。根据核酸和蛋白序列相似性,植物中的SNF1相关蛋白激酶基因分为三个家族:SnRK1、SnRK2和SnRK3[12]。其中,SnRK1和动物中AMPK基因同源,主要参与碳代谢和能量代谢;SnRK2和SnRK3为植物特有,主要参与对环境因素如干旱和盐胁迫等的应答过程。越来越多的研究表明,SnRK2家族基因在植物脱落酸(Abscisic acid, ABA)信号转导、渗透胁迫响应、气孔开闭、矿质营养吸收以及生长发育过程中具有重要作用。例如,拟南芥AtSnRK2.6/OST1可以和ABI(ABA不敏感型突变体)互作来整合ABA和渗透胁迫的信号,正向调节气孔关闭[1,19,26]。最近研究发现AtOST1在拟南芥中对于防止细菌从气孔的入侵是必需的[18]。对AtSnRK2.10的研究显示,它能够磷酸化拟南芥和水稻中的脱水素蛋白,而且可以和磷脂酸结合调控逆境反应[22]。而AtSnRK2.8/AtSnRK2C与代谢有关,而且在缺钾条件下下调表达,植株生长明显下降,而过量表达AtSnRK2.8可显著增强拟南芥植株在干旱胁迫下的抗性和生长[18,20]。衣藻的SnRK2.1和拟南芥的AtSnRK2.3在调节硫饥饿条件下的基因表达和代谢反应起到重要作用[11,13],而且AtSnRK2.2和AtSnRK2.3在种子萌发、根系生长及幼苗生长过程中ABA信号转导方面具有重要功能[7]。而AtSnRK2.9在缺磷条件下诱导表达,突变体研究表明AtSnRK2.9对拟南芥生物量和种子产量形成具有重要作用[10]。蚕豆的AAPK基因可以通过磷酸化RNA结合蛋白AIPK1来调节脱水素基因的表达和逆境响应[16,17]。麦类的PKABA1与 ABA的信号转导有关[11],小麦的W55a参与多种逆境应答[23]。研究还发现,SnRK2家族不同成员对ABA和渗透胁迫的响应有所不同,它们在胁迫条件下可以被磷酸化和激活,并优先磷酸化bZIP类的转录激活子,如拟南芥中的AREB1和水稻的TRAB1/ABFs,从而调节它们的活性和下游基因的表达[5, 8,15]。另外,活化的SnRK2蛋白可以自身磷酸化,而且在ABA和渗透胁迫条件下SnRK2被磷酸化的机制有所不同[4,14]。 　　玉米是目前世界上第一大作物,我国第二大作物。人们围绕玉米的抗旱生理和遗传机制及品种抗旱性改良做了大量的研究工作。尽管SnRK2基因在植物渗透胁迫反应和ABA信号转导过程中具有重要功能,但关于玉米SnRK2基因的研究很不充分[27,28]。通过生物信息学分析,本试验鉴定出三个新的玉米SnRK2基因,对它们的基因结构、蛋白基序、启动子区的顺式作用元件进行了预测和分析,并对它们与拟南芥和水稻的SnRK2基因进行了系统进化分析,为进一步研究这些基因在玉米中的功能奠定了基础。 　　 　　1 材料与方法 　　 　　用已克隆的水稻SnRK2基因序列搜索各类公共数据库,寻找玉米的SnRK2序列,通过NCBIblastX进行序列比对和在MaizeGDB中进行EST搜索比对,确定玉米SnRK2基因及其编码序列。利用Mega 4.1对这些基因及拟南芥和水稻的SnRK2基因进行系统进化分析,拟南芥和水稻的SnRK2基因序列号见参考文献[14]。利用PlantsP Feature Scan对玉米SnRK2基因编码的蛋白进行结构预测和分析。利用Maizesequence中的结果和SnRK2基因所在玉米基因组克隆BAC的信息对它们进行染色体定位。通过SnRK2编码区和基因组序列的比对来显示基因外显子和内含子的结构组成。根据编码区序列和其所在BAC的序列得到各个SnRK2基因起始密码子ATG上游??2 000 bp的启动子区及上游序列。利用PLANTCARE对启动子区的顺式反应元件