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构建玉米新品种新科19指纹图谱SSR引物筛选
构建玉米新品种新科19指纹图谱SSR引物筛选
摘要:以玉米新品种新科19及其亲本为材料,从50对玉米SSR引物中筛选出在新科19双亲之间多态性明显、重复性较好的5对引物bmc1792、bnlg1496、umc2105、bnlg2291和phi065,可用于鉴定新科19的真实性,同时为鉴定该种子的纯度提供参考。该方法具有准确可靠、实用性强等优点,可为生产上杂交种新科19真实性的快捷有效鉴定提供科学依据。
关键词:玉米;杂交种;SSR标记;真实性鉴定
中图分类号:S513 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2011)17-3635-02
Screening SSR Primers for Fingerprint Establishment of Maize Hybrid Xinke 19
WANG Wen-jie,ZHOU Lian-dong,GUO Yu-xia,LIU Jing-wei,LIU Xi-cun
(Xinxiang Academy of Agricultural Sciences of Henan,Xinxiang 453000,Henan,China)
Abstract: Genomic DNA of Xinke 19 and its parents was extracted for screening SSR markers that could be applied in fingerprint establishment from 50 pairs of SSR primers. As a result, five pairs of primers, bmc1792, bnlg1496, umc2105, bnlg2291 and phi065, which presented apparent polymorphism between the parents, were determined as candidates for authenticity identification of Xinke 19. This procedure with high accuracy and strong practicality was applicable for testing seed authenticity of Xinke 19 rapidly and efficiently.
Key words: maize(Zea may L.); hybrid; SSR marker; authenticity identification
随着品种数量的增多以及少数骨干亲本的集中应用,玉米品种间的遗传差异越来越小,同工酶和蛋白质电泳技术已经不能有效鉴定种子的纯度和真实性。而SSR分子标记具有快速、准确、多态性丰富、可操作性强的特点[1],在构建玉米新品种指纹图谱中具有独特的优越性。赵久然等[2]确定了玉米自交系和杂交种指纹图谱绘制的SSR核心引物,为构建玉米自交系和杂交种SSR指纹图谱,从而对种子的纯度和真实性进行鉴定提供了很大方便。
新科19是河南省新乡市农业科学院育成的优质、高产、多抗的玉米杂交种,2010年通过河南省农作物品种审定委员会审定。为了更准确、有效地鉴定新科19,对该品种及其亲本进行分子指纹图谱构建和比较,本研究试图筛选出能有效鉴定供试材料的SSR标记,以期为玉米生产中种子纯度和真实性的鉴定提供参考依据。
1材料与方法
1.1供试材料
新科19杂交种及其母本k380和父本H863均为新乡市农业科学院玉米课题组保存。亲本经严格自交繁殖去杂,并组配杂交种新科19。
1.2DNA的提取
新科19杂交种及其亲本种子在30/25 ℃培养箱内进行暗培养,待其幼苗长至3叶左右时,取黄化叶片混样,置于液氮中冷冻、研磨,用CTAB法提取基因组DNA[3],由于玉米叶片含次生物质较多,在提取液里加入1%巯基乙醇。紫外分光光度计检测DNA浓度和质量,将DNA样品浓度稀释至20 ng/μL,-20 ℃保存备用。
1.3引物合成及电泳分析
SSR分析中所用的50对引物序列由玉米基因组数据库(http://www.maizegdb.org/ssr.php)获得,分布在玉米10条染色体上[2,3],引物由上海英骏生物工程有限公司合成。DNA聚合酶、dNTP购自宝生物工程(大连)有限公司。20 μL反应体系包括2 μL 10×PCR Buffer、1 U Taq DNA 聚合酶、0.2 mmol/L dNTPs、0.25 μmol/L引物和20 ng模板DNA。PCR扩增程序为
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