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高通量测序技术新名词理解和辨析
高通量测序技术新名词理解和辨析
摘 要:高通量测序是指能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定的技术。高通量测序迅猛发展,已成为全球生命科学研究的热点。由此衍生的新科技术语也不断出现。而规范统一的定名有助于科技成果的快速推广。文章从测序技术的发展历史进行阐述,着重对高通量测序技术一词进行分析,并对其领域内主要的专业术语进行了归纳和解释。
关键词:高通量测序技术,新名词
中图分类号:N04;Q34文献标识码:ADOI:10.3969/j.issn.1673-8578.2017.04.010
Abstract: Highthroughput sequencing is a technique that has capable of sequencing multiple DNA molecules in parallel, enabling hundreds of millions of DNA molecules to be sequenced at a time. With the rapid development of highthroughput sequencing, it has become a hot field in life sciences, and appeared some novel terms. This article expounds the development history of sequencing technology, analyzes the term “highthroughput sequencing technology”, and explains related main technical terms in this field.
Keywords: highthroughput sequencing, novel terms
引 言
科技?g语是科学技术研究中的专用名词,它所代表的意义必须力求准确统一,只有这样才符合科学研究中要求的严格性与严密性。科技术语的混乱,会影响科技工作者之间的交流,因此科技术语的统一和规范化,对学科知识的传播与交流、新理论的建立、新学科的开拓、最新信息的交流、科技成果推广等方面都至关重要[1]。
高通量测序(highthroughput sequencing)是指能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定的技术。在21世纪初被国外生物公司首次开发,继而迅速在全球范围内推广应用,它能够帮助科研人员解决许多生物学问题,深入研究各物种的基因组结构、功能、表达、调控等,更透彻地解密“生命密码”。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列;在转录组水平上进行mRNA测序(mRNA sequencing),从而开展差异基因表达分析、可变剪切分析等研究;从表观遗传学的角度,研究DNA、RNA、蛋白质间相互作用或染色质构象的测序技术, 进行转录后调控等方面的研究。
“高通量测序”一词已广泛应用于生命科学的研究,通过测序技术得到的基因组数据库、转录组数据库等众多数据库,对生命现象的研究起着至关重要的作用。因此以高通量测序为基础发展出许多新名词,对这些新名词的规范命名和正确的理解,能够有效地促进科学技术的传播,进而推动科学的进一步发展。
一 测序技术的发展历史
众所周知,生物的遗传信息是由DNA序列决定的,4种碱基A、T、C、G的排列方式决定了生物的形态、生长发育、疾病等种种特征。DNA序列的异常也将引起各种各样的疾病。那么某一个物种的DNA序列究竟是什么,如何得到该物种完整的DNA序列,如何破解“生命密码”,就成为20世纪70年代生命科学研究领域的热门课题。
1977年,英国生物化学家桑格(F. Sanger)和库森(A.R.Coulson)创建了第一代测序技术,通过DNA双脱氧链终止法,成功得到噬菌体X174的全部基因组序列,全长5374个碱基。该方法使用能在DNA模板链上互补参入却不能延伸的四种双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)与正常的四种脱氧核苷三磷酸(dNTP)竞争,合成的互补链可以在任何位置终止,获得长短不一的反应产物,通过电泳分离,从四条泳道上的条带顺序就能读出DNA的序列。这一技术可以对样品直接进行测序,不需提前了解其遗传背景,有较高的准确性,因此快速成为当时最常用的基因测序技术,并命名为“桑格-库森法”(SangerCoulson method),也成为第一代测序技术。它的出现标志着生命科学的研究进入了基因组时代。人类基因组计划(human genome project,HGP)就是用
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