蛋白磷酸化对Kir通道门控机制影响的研究-生物物理学专业论文.docxVIP

河北工 河北工业大学硕士学位论文 蛋白磷 蛋白磷酸化对 Kir 通道门控机制影响的研究 万方数据 万方数据 万方数据 万方数据 摘 要 ROMK2 通道是内向整流钾离子通道（Inwardly Rectifying Potassium Channels， Kir）家族的一种亚型通道，在调节钾离子的分泌方面起着关键作用。ROMK2 通道功 能除依赖于 PIP2 外，还受到如镁离子、氢离子等很多因素调控。通道的磷酸化水平也 会影响通道功能，如蛋白激酶 A（PKA）磷酸化 Ser200 增加 ROMK2 通道的开放几率， 但具体调节机理尚不清楚。本文采用分子动力学模拟、分子对接和靶向分子动力学模 拟相结合的方法对 Ser200 磷酸化对通道门控机制的调节作用进行初步探索，得到一些 有价值的结果： 1. 通道蛋白 Ser200 的磷酸化可以使胞内区域 52-59 和 161-168 两段氨基酸的柔性增 强，使 58 位的色氨酸构象发生变化，这一变化和 Kir2.2 晶体结构上相同位置的 79 位氨基酸构象一致。 2. PIP2 与通道的对接结果表明，58 位的色氨酸的构象变化，有利于 PIP2 和通道的结 合，这表明磷酸化是通过调节通道与 PIP2 的相互作用来调节通道的门控，这与文 献[54]一致。 3. 通道蛋白 Ser200 磷酸化后，通道的胞内区域相对于未磷酸化的通道的对应位置上 升了 2?，实验研究表明胞内区域上升是通道打开所必需的，因此 ROMK2 通道的 磷酸化使胞内区域上升有利于通道的打开。 4. 通过分析 C-Linker 和胞内区域的相互作用表明：通道蛋白 Ser200 磷酸化增强了 C-linker 与通道胞内区域的相互作用，从而使胞内区域上升，才有助于通道的打开。 本文对 Ser200 磷酸化调控 ROMK2 通道门控的机制进行了初步探索，得到一些有 意义的结果，但磷酸化调控通道门控机制的研究还有很多工作要做：不同磷酸化位点 调控通道的机制是否相同，靶向分子动力学运行过程中靶的选取问题，这些问题需要 在以后的研究中进一步分析与完善。 关键词：Kir 通道，ROMK2，蛋白磷酸化，分子动力学模拟，靶向分子动力学 I ABSTRACT ROMK2 is a subtype of the Inwardly Rectifying Potassium Channels Family and plays key roles in maintaining membrane potential and regulating the secretion of potassium ions. The activity of ROMK2 channel is critically dependent on PIP2 and regulated by many other factors, such as magnesium ions, hydrogen ions. Moreover, PKA-Dependent phosphorylation can increase open probability of ROMK2 channel the mechanism of which is still unclear. In this paper, we focused on regulation of the ROMK2 gating by the phosphorylation at Sre200 through molecular dynamics simulation, molecular docking and Targeted molecular dynamics simulation. We get some valuable results: Phosphorylation of Sre200 enhances the flexible of two pieces of residues which are 52-59 and 161-168 and changes the conformation of side chain of Trp58 which is corresponding to Trp79 of Kir2.2. The docking results show that conformational change of Trp58 makes the binding domain of PIP2 more favourable to PIP2 binding, meaning that phosphorylation at Ser200 up-regulating the activity of RO