山羊痘病毒A11 R基因的克隆及生物信息学分析探究.pdfVIP

江苏农业学报（ＪｉａｎｇｓｕＪ．ｏｆ Ａｇｒ．Ｓｃｉ．），２０１６，３２（１）：１５８～１６３ １５８ ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ．ｊｓｎｙｘｂ．ｃｏｍ 吴　 健，朱海霞，赵志荀，等． 山羊痘病毒Ａ１１Ｒ基因的克隆及生物信息学分析［Ｊ］．江苏农业学报，２０１６，３２（１）：１５８⁃１６３． ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１０００⁃４４４０．２０１６．０１．０２４ 山羊痘病毒Ａ１１Ｒ 基因的克隆及生物信息学分析 １，２ １ １ １ ３ １ １ １ 吴　 健 ，　 朱海霞 ，　 赵志荀 ，　 颜新敏 ，　 赵银龙 ，　 吴　 娜 ，　 李　 健 ，　 张志东 ，　 １ ２ １ 张　 强 ，　 李　 影 ，　 吴国华 （１．中国农业科学院兰州兽医研究所／ 家畜疫病病原生物学国家重点实验室／ 农业部畜禽病毒学重点开放实验室，甘肃 兰州 ７３００４６； ２．吉林农业大学动物科学技术学院，吉林 长春 １３０１１８； ３．西北民族大学生命科学技术学院，甘肃 兰州 ７３０１２４） 　 　 摘要：　 为了分析绵羊痘病毒Ａ１１Ｒ蛋白质的分子特征，提取了山羊痘病毒古浪分离株（ＧＬ）的基因组ＤＮＡ，设 计引物进行ＰＣＲ扩增，将ＰＣＲ产物连接到ｐＧＥＭ⁃Ｔ Ｅａｓｙ载体后转化至大肠杆菌ＤＨ５α感受态细胞，筛选阳性克隆 进行序列测定，利用生物信息学软件对Ａ１１Ｒ基因序列进行预测分析。 结果显示，Ａ１１Ｒ 基因序列由９５４个核苷酸 组成的开放阅读框，编码 ３１７ 个氨基酸残基组成的多肽，蛋白质分子质量的理论值为 ３６０９１．７，理论等电点为 ５１４。 Ａ１１Ｒ蛋白质的二级结构中，α螺旋占２９０２％，β 折叠占１０４１％，其余６０５７％为无规则卷曲。 多序列比对 分析显示，不同羊痘病毒分离株Ａ１１Ｒ序列高度保守，同源性在９８％以上。 进化树分析结果显示，ＧＬ株与ＮＫ株、 ＴＵ株以及ＳＡ株在一个分支，说明它们之间具有较近的亲缘关系，上述研究结果为进一步研究Ａ１１Ｒ蛋白质的生物 学功能和羊痘病毒早期蛋白质分子间相互作用奠定了基础。 关键词：　 羊痘病毒；Ａ１１Ｒ； 基因克隆； 生物信息学 中图分类号：　 Ｓ８２７　 　 　 文献标识码：　 Ａ　 　 　 文章编号：　 １０００⁃４４４０（２０１６）０１⁃０１５８⁃０６ Ｃｌｏｎｉｎｇ ａｎｄ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆＡ１１Ｒ ｇｅｎｅ ｏｆ Ｇｏａｔｐｏｘ ｖｉｒｕｓ １，２ １ １ １ ３ １ １ ＷＵＪｉａｎ ，　 ＺＨＵ Ｈａｉ⁃ｘｉａ ，　 ＺＨＡＯＺｈｉ⁃ｘｕｎ ，　 ＹＡＮ Ｘｉｎ⁃ｍｉｎ ，　 ＺＨＡＯＹｉｎ⁃ｌｏｎｇ ，　 ＷＵ Ｎａ ，　 ＬＩＪｉａｎ ，　 １ １ ２ １ ＺＨＡＮＧＺｈｉ⁃ｄｏｎｇ ，　 ＺＨＡＮＧ Ｑｉａｎｇ ，　 ＬＩ Ｙｉｎｇ ，　 ＷＵ Ｇｕｏ⁃ｈｕａ （１．Ｓｔａｔｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｅｔｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ／ Ｌａｎｚｈｏｕ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ， Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｌａｎｚｈｏｕ ７３００４６，Ｃｈｉｎａ； ２．Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＪｉｌｉｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｃｈｕｎ １３０１１８，Ｃｈｉｎａ； ３．Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｌｉｆ