极地环境样品中的细菌系统进化组成分析-遗传学专业论文.docxVIP

摘 摘 要 采用不经培养的rRNA方法，对1999年采集的南极菲尔德斯半岛地区长城 站附近的6份表层土壤样品、2001年采集自不同站位不同深度的52份南极海水 样品以及2002年北极加拿大海盆不同站位不同深度的59份海水样品和冰站卤 水、潜水等9份样品中的细菌群落系统进化组成进行分析。 通过PCR结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对从土壤样品中获得168 rRNA基因特征片段V3区序列进行分离，结果表明表层土壤样品中细菌系统发 育组成丰富。对其中的主要12条DGGE条带进行胶回收，获得的DNA片断经 测序以及计算机比对分析发现，它们分别属于B、v、6一蛋白细菌、 Cytophaga—Flexibacter-Bacteroides(CFB)群细菌、绿色非硫杆菌等系统分类群。大 部分的16S rRNA基因序列与环境中的未培养细菌序列或直接获得的序列相似性 很高。另外，采用传统培养方法从土壤样品中分离到28株细菌，并根据形态、 生理生化特征进行鉴定，分离菌株中以假单胞菌属(Pseudomonas)细菌为主。 对南北极同一站位不同深度海水样品进行分析，发现在DGGE指纹图谱上 电泳分离条带的组成和分布不完全相同，推测随着海水深度的变化，海水中的细 菌组成可能发生变化。从极地海洋不同深度海水样品中获得序列常常同数据库中 来自海洋环境尤其是极地海洋环境中的培养或未培养细菌16S rDNA序列或克隆 序列具有较高相似性。从南北极海水样品中获得序列可归类为proteobacteria分 类群、cFB群和G+细菌，其中以属于Ct、Y．proteobacteria分类群扣CFB群的 序列为主。从北极海冰样品中获得的序列与c【、B、v-proterobacteria分类群、 CFB群和G+细菌的序列具有较高的相似性(90‰100％)，其中c【、Y ．proterobacteria分类群和CFB群占优势。这同海冰下面的海水中的细茵组成相 似。另外，对北极海水、海冰样品经过培养和不经培养获得的16S rRNA基因特 征片段V3区序列进行分离比较，结果表明不经培养方法获得的DGGE务较多， 更能真实反映自然环境样品中细菌的组成和分布。 关键词：PCR-DGGE，极地，表层土壤，海水，海冰，细菌系统进化组成 AbstractCulture—independent Abstract Culture—independent rRNA approach was used tO analyze the phylogenetic composition of bacterial assemblages in 6 Antarctic topsoil samples collected from Fields Peninsula region near Station Great WaU in 1999．and 52 Antarctic sea-water samples collected from difierent sites with difierent depth in 2001．and 59 Aretie sea—water samples collected from difierent sites wi吐l diffjrent depth and 9 sea-ice brine，melt ponds water and water samples under-ice melt ponds collected by divers in the Canada Basin in 2002． Using PCR—DGGE technique，the sequences of the V3 region of 1 6S rRNA gene retrieved from topsoil samples were separated．DGGE fingerprint showed that bacterial phylogenetic composition in soils was diverse．Sequences corresponding to 12 dominating excised bands were analyzed and fell into seven 1ineages oftlle domain Bacteria：p_，Y一，5一proteobacteria；Cytophaga—Flexibacter-Bacteroides(CFB)group； Actinobacteria；Acidobacteria；and green nonsulfur bacteria．Sequences related to Mthylophilus bel