绵羊TYRP基因快速进化以适应海拔变化-动物遗传育种与繁殖专业毕业论文.docxVIP

绵羊TYRP基因快速进化以适应海拔变化目 绵羊TYRP基因快速进化以适应海拔变化 目 录 摘 要 ．i Absl：I‘act．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．iii 中英文缩略词表(Abbreviation) ．vi 1文献综述 ．1 1．1黑色素合成及其相关基因的研究进展 1 1．1．1黑色素合成通路的基因成员 1 1．1．2 TYR基因家族的结构及其生物学功能 3 1．1．3黑色素的光保护作用 4 1．1．4黑色素合成相关基因的进化 5 1．2中国藏系和蒙古系绵羊 ． ． ．一 ．6 1．2．1藏系绵羊 6 1．2．2蒙古系绵羊 6 1．3基因变异与蛋白质结构的关系 7 1．4 DNA层面上正选择检验方法 ．．8 1．5本研究的目的及意义 9 2材料与方法 10 2．1试验材料 ．10 2．2试验仪器及试剂 ．12 2．2．1试验主要试剂 12 2．2．2试验主要仪器 ．． ． ．． 12 2．2．3试验常用缓冲液的配制 一13 2．3试验方法 ．13 2．3．1绵羊血样DNA的提取与质量检测 ．1 3 2．3．2 DNA混合池构建 一14 2．3．3引物的设计、合成及测序 ．．14 2．3．4基因频率计算及连锁分析 一15 2．3．5单倍型构建与分析 一16 2．3．6海拔高度关联分析 一16 2．3．7蛋白质结构预测 一16 2．3．8 TYRP基因的种间进化及进化驱动力分析 16 万方数据 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文2．3．9群体内进化分析 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文 2．3．9群体内进化分析 17 3结果与分析 1 8 3．1 TYRP基因变异与海拔的关系 18 3．1．1 TYRP基因单核苷酸多态性检测 ．18 3．1．2 TYRP基因SNP位点的哈代温伯格平衡检验及连锁图谱 19 3．1．3 TYRP基因变异与海拔高度的关联分析 ．24 3．1．4 TYRP等位基因频率在高中低海拔绵羊群体间的差异分析 ．25 3．1．5 TYRP基因单倍型分析 ．27 3．1。6 TYRP基因的群体遗传多样性 。28 3．2绵羊TYRP基因变异与其蛋白结构关系分析 ．29 3．2．1 TYRP基因变异和TYRP蛋白一级结构的关系 ．29 3．2．2 TYRP基因变异和TYRP蛋白二级结构的关系 31 3．2．3 TYRP基因变异和TYRP蛋白三级结构的关系 32 3．3 TYRP基因物种间的进化分析 34 3．3．1 TYRP基因种间进化树的构建与分析 ．34 3．3．2 TYRP基因种间相似性比较分析 ．35 3．3．3 TYRP基因正选择检验与分析 ．35 3．4 TYRP基因在绵羊种内的进化分析 37 4讨{仑 ．．40 4。1 TYRP基因的进化分析 40 4．2 TYRP基因的变异与海拔变化的关系 42 5结{吾 一44 5．1结论 。44 5．2进一步研究建议 ．44 参考文献 45 在读期间发表的论文 54 关键词索引 55 致谢 56 Ⅱ 万方数据 绵羊TYRP基因快速进化以适应海拔变化摘要 绵羊TYRP基因快速进化以适应海拔变化 摘要 为研究高海拔绵羊群体强紫外线辐射适应性的分子机制，为绵羊群体间毛色多 样性形成机制研究提供理论参考。本研究以分布于不同海拔高度的绵羊群体：高原 型藏羊、欧拉型藏羊、山谷型藏羊、乌珠穆沁羊、苏尼特羊、滩羊、广灵大尾羊、 小尾寒羊和湖羊作为试验材料，选择与黑色素合成相关的光保护基因TYRPl和 TYRP2，采用混合样测序技术检测绵羊群体内这两个基因的SNP位点，采用直接测 序的方法对其进行分型，并对这些位点的基因频率及基因的单倍型频率与海拔高度 进行关联分析；同时对12个物种的聊J『和TYRP2基因系统发生关系、基因相似 性和选择方向进行系统分析，并且用Lositan软件对9个绵羊群体内检测到的TYRP 基因的SNP位点进行受选择状况分析；利用生物信息学的方法对TYRP蛋白的结 构进行预测分析，分析TYRP基因变异位点和TYRP蛋白结构的关系，进一步阐述 TYRP的基因结构与其蛋白质功能之间的关系，为中国绵羊的选育工作和遗传资源 保护利用提供理论参考。研究结果如下： 1．混合样测序在绵羊群体内TYRP基因中共检测到35个SNP位点，其中TYRPl 基因检测到21个位点，TYRP2基因中检测到14个位点。对这些位点的等位基因频 率与各绵羊群体所在海