《系统生物学》第4讲网络模型基础.ppt

中心性（centrality）指标 点度中心性（degree centrality）：节点的连接数，衡量一个节点的连接能力。 介度中心性（betweenness centrality）：通过节点的最短路径的个数，衡量节点承载流量的能力。 接近中心性（closeness centrality）：节点到其它节点最短路径的平均值， 衡量传递速度。 基本网络举例 规则网络（Regular Networks） 随机网络（Random Networks） 小世界网络（Small-World Networks） 无标度网络（Scale-Free Networks） 层级网络（Hierarchical Networks） / Current version: 1.8 Regular Network 在NetworkX中，用random_graphs.random_regular_graph(d, n)方法可以生成一个含有n个节点，每个节点有d个邻居节点的规则图。 每个节点与固定数目的K个节点连接，度分布为： 集聚程度高，平均路径长。 ER (Erd?s-Rényi) Network ER随机图是早期研究得比较多的一类“复杂”网络，这个模型的基本思想是以概率p连接N个节点中的每一对节点。在NetworkX中，可以用random_graphs.erdos_renyi_graph(n,p)方法生成一个含有n个节点、以概率p连接的ER随机图。 由N个节点构成的图，可以存在 从中随机连接M条边所构成的网络就是随机网络。ER网络节点的连接度服从泊松分布： Dependency on p p = 0.0 p = 0.1 p = 0.5 p = 1.0 WS (Watts-Strogatz) Small World Network 在NetworkX中，可以用random_graphs.watts_strogatz_graph(n, k, p)方法生成一个含有n个节点、每个节点有k个邻居、以概率p随机化重连边的WS小世界网络. 从N节点环开始，环上每个节点，与两侧各有m条边相连，然后，对每条边以概率p随机进行重新连接（自我连接和重复连接除外），这些重新连接的边称为“长程连接”。长程连接大大减小了网络的平均路径长度。 小世界概念是哈佛大学心理学家米尔格伦提出的六度分离（six degrees of separation）概念的推广。 小世界概念描述了，现实世界中，有的网络尽管规模很大，但任意两个节点之间却存在一条很短的路径这样一个事实。 BA (Barabasi-Albert) Scale Free Network 在NetworkX中，可以用random_graphs.barabasi_albert_graph(n, m)方法生成一个含有n个节点、每次加入m条边的BA无标度网络. 无特征标度，连接度满足幂分布（power law）, 无标度的含义： Scale-free degree distribution in different networks . (a) Movie actors (n?=212250, ?k??=?28.78, γ?=?2.3). (b) World wide web (n?=325729, ?k??=?5.46, γ?=?2.1). (c) Power grid (n?=?4941, ?k??=?2.67, γ?=?4). From Barabási and Albert (Science, 1999, 286: 509) . 无标度网络的度分布举例 随机网络与无标度网络的区别 生成基本网络的函数 Science (2002) 297: 1551 无标度性与模块性的复合 层级网络 层级网络的生成 层级网络的度分布与尺度变换特性 arXiv:cond-mat/0206130v2 练习：生成基本网络的函数 作业：绘制层级网络（n=2) 1、可手绘，拍照发送； 2、也可用电脑软件绘制； * ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? ∑ M ? 第四讲网络模型基础 蛋白互作网络与基因调控网络 (a) Network of protein–protein interactions in yeast. From Jeong et al. (b) Regulatory interactions between E. coli genes. Courtesy of S. Ortiz, L. Rico, and A. Valencia. 代谢网络 图论 格尼斯堡七桥问题 Taken from the book “analys