《系统生物学》第15讲时间程序与转录网络的整体结构-2.ppt

第十五讲时间程序与转录网络结构 前面介绍了三类网络模体：自身调节、FFL（单输出/多输出）、SIM。 转录网络中还有一类网络模体：致密重叠调节子（dense overlapping regulon, DOR）。 转录调控网络中一共只有这四类（家族）网络模体。 前面说过，4个节点的有向连接模式一共199种，其中，只有两种是已知的转录调控网络模体。 这两种分别是：多输出FFL（前面讲过）和双扇（bi-fan）网络模体。 双扇网络模体属于DOR的一种，它通过多个交叉连接把输入层和输出层连接起来。 双扇网络模体是比前面的多输出FFL泛化程度更高的一种模体。 双扇网络模体也是DOR中最小的连接形式（仅4个节点）。 信号整合与组合调控：双扇网络模体 信号整合与组合调控：双扇网络模体 DOR网络模体可以在转录网络中，通过搜索（局部）密集连接模块的方法找到。 虽说DOR是致密连接，但也不一定是全连接，只是相对随机网络中的连接要稠密得多。 要理解DOR的功能，必须要用到前面介绍的多维输入函数的概念。 DOR中的每个输出层的节点，都会整合来自输入层的节点的信息，从而对细胞的一些复杂行为（主要是环境响应）进行决策。 因此，DOR是通过多维输入函数进行信号整合，并通过多维输出函数进行组合调控，以实现较为复杂的调控目标的网络模体。 在大肠杆菌和酵母的真实转录网络中，可以找到许多大型的DOR，它们控制着数十乃至上百的基因，构成了转录网络的中枢，使细胞对环境压力、营养状况等进行响应。 信号整合与组合调控：双扇网络模体 信号整合与组合调控：致密重叠调节子 至此，我们已经讲完了转录网络中的四类网络模体。 那么，这些模体在整个转录网络中是如何安排的呢？彼此如何联系？各自覆盖范围有多大？ 为了解答上面的问题，需要考虑转录网络整体结构的图示方法，这里采用“粗粒化”的方法。 所谓“粗粒化”，就是忽略网络模体的内部连接的细节，而是用简化的符号来表示各类网络模体。 比如，用标记数字n的方块来表示具有n个基因的SIM，用标记了输出基因个数的三角形来表示多输出的FFL，用标有输入输出的矩形盒子来表示DOR，当然，符号中还包括单个转录因子及其对自身的调节等。 这样就可以用这些符号把转录网络的整体图像画出来。 转录网络模体与感知转录网络整体结构 转录网络模体与感知转录网络整体结构 转录网络模体与感知转录网络整体结构 在这种“粗粒化”表示的网络中，大肠杆菌和酵母的转录网络都是有单层的DOR构成，而没有级联结构。 也就是说，在一个DOR的输出中没有连着其它DOR，因此，网络实施的各种决策计算都是通过这个单一的皮层（cortex）来完成的。 虽然只有一层DOR，但是里面包含了其它各种网络模体（AR、FFL、SIM），而且，这些模体之间也互相连接或包含，从而表现出丰富的动力学性质和功能。 这四种网络模体在已知的各个物种（如细菌、酵母、线虫、果蝇、人等）的感觉转录网络中都存在，发挥着相似的功能。 那为什么感知转录网络中没有长程级联呢？（像X→Y → Z→ ）。 一个可能的原因是响应时间的限制。 转录网络模体与感知转录网络整体结构 如果有级联的话，因为物质积累需要时间，因此，信息的传递速度较慢，上游信号激起下游产物的响应时间可能有几小时之长，级联层次越多，时间越长，无法满足细胞对环境变化及时响应的要求。 因此，感知转录网络这种有“速率限制”的网络中，往往不能使用长程级联。 但在其它生物网络中，如发育调控转录网络、信号传导网络中，确实存在长程级联。 甚至在这些没有速率限制的网络中，长程级联不仅存在，而且很重要。 通过细胞的整体实验可以发现，各种网络模体在什么信号刺激或生理过程中发挥主要作用，如酵母实验表明，SIM和DOR在快速信号传播和协调表达系统中起作用，而FFL则主要在依赖于时间的进程（细胞周期等）中发挥作用。 转录网络模体与感知转录网络整体结构 转录网络模体小结 转录网络模体小结 转录网络是稀疏的（sparse）。 转录网络中实际发现的边数E与所有可能的边数Emax （= N2）之比，E/Emax 1。典型地，该比值小于0.1%。 这一结果是进化选择的产物。 因为DNA突变时常发生，没用的边往往在进化过程中丢弃了。 因此，现存生物转录网络中能观察到的边就是选择之后剩下的少数。 这少数的边所形成的网络模体都具备特定的功能，给予生物选择上的优势。 转录网络的整体拓扑性质 转录网络中节点的度分布。 转录网络是有向网络，因此，节点的度分成“入度”和“出度”。 转录网络的平均连接度λ=E/N，取值为2～10，且，平均入度=平均出度。 转录网络的出度大体符合幂律分别（power law，P(k) ~k-γ， γ ~1~2），具有长尾性，即，大部分节点出度很低，而少数节点出度很高（全局调节子，glo