《系统生物学》第16讲其它生物网络中的网络模体.ppt

尽管生物体通常需要一个相对固定的内稳态，但是振荡行为对于实现某些生理过程却是必须的。 比如，细胞周期性分裂、生物昼夜节律、心脏的规律性跳动、脉冲神经元的周期性信号发生等。 生物振荡的一个典型特征是在时间上的精确性要大于振幅上的精确性。 原因：生化系统中的内部噪声，特别是基因表达的细胞间差异性。 稳健的振荡发生机制往往需要组合正自身调节、慢激活和快的反馈抑制。 还有一种振荡发生机制，如三个互相抑制的调节子构成的阻遏振荡器（repressilator）。 如后图所示。 复合网络模体：负反馈和振荡器 复合网络模体：负反馈和振荡器 稳健振荡发生器 阻遏振荡子 很多科学领域中都存在互作网络，包括社会学、神经科学、工程学和生态学。 通过跟随机网络进行比较，都可以发现相应的网络模体。 因此，一般地： （1）多数真实世界的网络中都含有网络模体； （2）不同类型的网络中的网络模体通常是不同的。 有人总结了各类网络中的模体，并制成了谱图（profile），归纳成表格。 同时，也要注意到，不同的网络中也会出现相同或相似的网络模体。 甚至，相似的反模体（anti-motif），反模体是指出现频率显著低于随机网络的模体，是进化过程中，刻意避免出现的连接模式。 各类网络中的模体概览 各类网络中的模体概览 各类网络中的模体概览 各类网络中的模体概览 各类网络中的模体概览 秀丽线虫体内大概有300个神经元，它们之间通过突触连接成网络。 在该网络中，有向边X→Y，表示神经元X通过突触向神经元Y传递信息。 研究发现，转录网络中的模体在线虫的神经网络中也出现。 比较转录网络和神经网络： （1）节点的空间尺度：蛋白（纳米），神经元（细胞大小）； （2）响应时间的尺度：转录（分钟到小时），神经（微妙）； 尽管有此不同，但都普遍存在前馈环。 为何神经网络中存在前馈环？有人解释说：细胞相邻效应。 但书上认为，是趋同进化的结果。 即，感觉神经元与运动神经元之间的信息传递类比于转录因子对结构基因的调控，有同样的功能需求，如信号敏感的过滤等，故，进化趋同了。 秀丽线虫的神经网络模体 秀丽线虫的神经网络模体 神经网络中的前馈环，采用了跟转录网络中不同的泛化方式。 它是一种多输入前馈环（multi-input FFL），在线虫中最常见。 神经元主要是靠突触连接把电信号（跨膜电位差）传递给其它神经元。 例如： 神经网络中的多输入前馈环 加权和可以模拟“与”门和“或”门。 两个权重足够大，类似“或”门。 否则，类似“与”门。 实验表明：线虫鼻触系统Z的逻辑输入：（X1 OR X2） AND Y。 神经网络中的多输入前馈环 信号持续性检测器 信号重合性检测器 后者：临时存储器，在1/α的时间尺度上（约为10ms）。 线虫神经网络中的多层感知机 每一种生物网络都有特定的网络模体，执行特定的动力学功能。 发育转录网络存在双节点反馈环和长程级联以及连锁的前馈环。 信号转导网络存在多层感知机，可以进行复杂的组合运算和决策。 信号转导网络和转录调控网络一起，存在复合网络模体。 最常见的复合模体是慢调控加快速负反馈再加正自身调节的模体。 这种模体可以充当稳健的振荡发生器，产生周期性的生理现象。 线虫的神经网络中存在多输入前馈环和多层感知机网络模体。 多输入前馈环具有信号持续性检测和信号重合性检测的功能。 多层感知机是神经网络进行复杂运算的结构基础，在高等动物中尤为重要。 互作网络是一种合理的抽象方式，可以隐藏细节，凸显动力学功能。 总结 * 第十六讲其它生物网络中的模体 前面介绍了感知转录网络中的网络模体。 下面介绍其它几种生物网络，即发育转录网络、信号转导网络和神经网络中的网络模体。 发育转录网络（developmental transcription network），和感知转录网络的主要区别在于它们运行的时间尺度以及行为的可逆性。 感知转录网络是运行在细胞时代的时间尺度上，需要对环境的变化做出快速和可逆的响应。 而发育转录网络，在多细胞生物的发育过程中起作用，如受精卵到胚胎到个体，或者，多能细胞分化成特定类型的细胞，运行在一个相对较慢的时间尺度上，且行为通常不可逆。 发育转录网络的特点，使其存在不同于感知转录网络的新的网络模体。 引言 相反，利用信号蛋白起作用的信号转导网络（signal transduction network），其响应时间比感知转录网络还要快，可以在几秒到几分钟的时间上发挥作用。 在信号转导网络中，介绍多层感知机结构，还有复合类型的模体。 除了分子互作网络以外，还可以在更高的层次上考虑互作网络，比如细胞间的互作网络。 重要的一类细胞网络就是神经元之间的连接网络，即神经网络。 神经网络中，尤以秀丽