生物信息学第11章蛋白质结构与预测1.ppt

电子显微镜 红外光谱仪 紫外光谱仪 原子力显微镜  摘自施蕴渝讲稿/ss/ 三、 蛋白质三维结构与其功能的关系 蛋白质依赖于其三维结构的形状和关键功能域的性质来执行生物功能。蛋白质结构的知识对于理解蛋白质功能是关键的，这也是其在生物信息学中有很大重要性的一个原因。 Structure and Function Structure and Function 四、 蛋白质结构和功能的进化 1. 结构和功能约束 2. 多序列比对 3. 整体蛋白质折叠的进化 4. 结构的保留 5. 功能的进化 1、 结构和功能约束 进化接受蛋白质中氨基酸残基发生的对蛋白质结构稳定或蛋白功能来说中性或有利的变化。出于结构或功能的需要，残基可以被保留下来。当氨基酸残基能独特地实现特定的结构作用时，它们能被保留。这种情况常常出现在 cysteine, glycine and proline. 一些残基扮演的独特的结构作用 Cysteine — Disulfide bond (S-S bond): Contributing to structural stability Glycine: It can adopt some conformations that are accessible to no other residues. 一些残基扮演的独特的结构作用 Proline: form the cis conformation. 一些残基扮演的独特的结构作用 2、多序列比对 理解结构怎样进化有助于我们理解多序列比对。关键的结构和功能残基常常是保守的。插入和缺失主要出现在亲水的表面回环中，而不是规则的二级结构元件中。 这个效应可以在多序列比对中观察到，比对结果往往是由对应于二级结构元件的较保守残基和来自表面回环的不保守残基交替组成的。 Key structural residues Key functional residues Multiple Sequence Alignment 3、整体蛋白质折叠的进化 如果两条自然出现的蛋白质序列可以比对，并且80个以上的残基的比对显示出25%以上的相似度，那么它们将共有同样的基本结构。 Sander and Schneider’s rule: t (L) = 290.15L-0.562 其中L指的是比对的长度，t指保证结构相似所需的一致度百分比阈值。 4、结构的保留 蛋白质结构往往被保留，甚至由于进化使序列改变到不能被识别时结构仍被保留。所以结构知识是理解蛋白质进化的—个关键因素。 Sequence evolving faster than structure Human Alpha Globin (1hga)E( ) = 0 (148/148) Note: In this case, it is used as the query sequence. Whale Myoglobin (1mbo)E( ) 10-5 (38/141) Yellow Lupine Leghemoglobin(1lh1)? E( ) 100 (30/127) NADH Peroxidase (1npx)E( ) 50 (23/132) E( ) indicate how well this sequence matched the query sequence during the search. Smaller numbers mean a better similarity match from the database. 5、功能的进化 虽然结构往往被进化保留下来，功能却会发生变化。有许多蛋白质，其序列和结构非常相似，但功能却不相同。当功能发生变化，关键的功能残基也变化了，多序列比对常常能清楚地显示出这一点。 Evolution of Function Key structural residues Key functional residues 五、结构数据的获取、展示和分析 1. 获取数据 2. 结构的可视化 3. 结构和功能位点分析 1、获取数据 通用搜索引擎: SRS and NCBI 专业搜索引擎: RSCB: /pdb 2、结构的可视化 常用的观察结构数据的程序: RasMol; SpdbViewer; Cn3D 3、结构和功能位点的分析 PDBSum: 包含了清晰的结构数据摘要和对结构数据库每一条目的分析，这些条目都可以通过访问号来访问，其提供的信息包括二级结构、二硫键位置、配体结合位点、活性位点、关键残基、分子间相互作用图、折叠拓扑以及酶的EC号等信息。 结构和功能位点的分析 SURFNET: 该软件能够帮助确定蛋白表面潜在的功能位点，特别是酶的活性位点。然后考虑这些