WKY抑郁大鼠海马全转录组测序及circRNA_lncRNA调控的ceRNA网络构建.pdf

目 录 摘 要I AbstractIV 常用缩写词中英文对照表VIII 前 言1 第一部分 WKY 抑郁模型大鼠行为学测试3 1 材料与方法3 1.1实验动物及分组3 1.3 行为学实验方法4 1.4 统计学分析4 2 结 果5 2.1 行为学测试结果5 3 结 论6 第二部分 大鼠海马RNA测序、验证及功能分析7 1 材料与方法7 1.1 分离大鼠海马组织7 1.2 提取总RNA7 1.3 总RNA 质量检测8 1.4 cDNA 文库构建10 1.5RNA-Seq及差异表达分析10 1.6qRT-PCR 验证测序结果的准确性11 1.7 差异表达基因的GO和Pathway 分析12 2 结 果13 2.1 提取的总RNA 质检结果13 2.2 cDNA 文库质检结果14 2.3RNA-Seq 结果14 2.4 qRT-PCR 验证RNA-Seq 的准确性18 2.5 差异表达基因功能注释19 3 结 论27 第三部分 构建抑郁相关的特异ceRNA 调控网络28 1 材料与方法28 1.1 候选circRNA 和lncRNA 的筛选28 1.2 构建抑郁相关特异ceRNA 调控网络28 1.3 抑郁相关特异ceRNA 调控网络功能分析29 2 结 果29 2.1 候选circRNAs和lncRNAs29 2.2 抑郁相关特异ceRNA 网络构建29 2.3 抑郁相关特异ceRNA 调控网络功能分析31 3 结 论33 讨 论35 结 论40 参考文献41 综 述48 致 谢58 个人简介59 山西医科大学硕士学位论文 WKY 抑郁大鼠海马全转录组测序及circRNA/lncRNA 调控的 ceRNA 网络构建 摘 要 背景： 抑郁障碍是人类最常见的精神障碍之一，其病理机制复杂，miRNA（microRNA）、 lncRNA （longnon-coding RNA）和circRNA （circular RNA）都已被证明与抑郁障 碍的发生发展有关。然而单一的指标很难全面的评估抑郁障碍的病理过程，因此抑 郁障碍相关网络的发现对于探明其病理机制更有潜力。lncRNA、circRNA 能够竞争 性与miRNA 结合进而调节 mRNA 的表达，共同构成了竞争性内源性 RNA （Competitive EndogenousRNA，ceRNA）调控网络，参与多种疾病的发生发展。 WKY （Wistar-Kyotorats）大鼠由Wistar 大鼠培育而来，具有与人类抑郁障碍患者 相似的行为学及生理学异常，常用于抑郁障碍的遗传相关研究。因此，我们采用 WKY 大鼠作为研究对象，Wistar 大鼠作为对照组进行研究。 目的： 1. 筛选及验证WKY 抑郁模型大鼠特异表达的circRNAs、lncRNAs、miRNAs 和mRNAs； 2. 构建抑郁相关的特异circRNA-/lncRNA-miRNA-mRNA 调控网络。 方法： 1. 实验动物分组及行为学测试：（1）实验动物分组： WKY 抑郁大鼠分为2 组，抑郁组 10 只，生理盐水灌胃21天；治疗组 10 只，西酞普兰5mg/kg 灌胃21 天。Wistar 大鼠7 只为对照组，生理盐水灌胃21天。（2）行为学测试：干预结束后 对大鼠行旷场实验、强迫游泳实验和糖水偏好实验，检测大鼠是否有抑郁样行为。 2. 大鼠海马RNA 测序及功能分析：（1）分离大鼠海马组织，提取总RNA，构 建cDNA 文库，使用IlluminaHiSeq4000进行全基因组测序，筛选抑郁相关差异表 达circRNAs、lncRNAs、miRNAs 和mRNAs；（2）利用GO 富集分析和KEGG 通 I