分子生物学课件 第十六章 生物系统内的分子作用.pptVIP

非门控模式 非门控模式指输入信号为正刺激信号时,输出信号受抑制； 反之,输入信号为负刺激信号时,输出信号被激活。 由AC-PKA 与Ras-Raf-ERK途径所构成的信号转导网络即属于这一类。 图8 分化特异性控制信号转导调控模式 →激活 —◆抑制 分化特异性调控模式 这一调控模式与组织细胞的分化状态相关联。当细胞处于不同的分化发育阶段时,可表达合成某种特异的信号转导分子,从而形成特定的信号转导模式。 协同调控模式 这一调控模式可存在于两条或多条信号转导途径之间,以达到协调信号转导的目的。 第九节 细胞信号网络作用机制 细胞信号网络拓扑结构分析 细胞信号网络模型的构建 细胞信号网络模型拓扑结构分析 节点的分类 对上述网络模型的拓扑结构进行分析 ,可见信号转导分子之间的相互作用方式 ,分别是链式作用 、向心式作用、离心式作用、复杂式作用。 图10 重要节点以及节点间的相互连接 图11 信号分子相互作用形成的信号交流 分子网络的主要研究方法 研究生物分子网络的实验方法，主要为高通量的组学研究方法。生物芯片技术是一个十分重要的研究平台。科学家们在高密度寡核苷酸的原位合成技术方面进行了创新研究，发展了基于软光刻技术的高密度芯片制作平台；同时，发展了一批可用于DNA甲基化检测芯片、用于疾病相关SNP筛选的基因组DNA芯片、可用于转录因子等DNA结合蛋白检测的双链DNA芯片等技术，为研究基因调控机理和寻找相关基因的功能提供了有效的方法，同时，用生物信息学的工具，开展生物分析网络的理论研究。 第十六章 生物系统内的分子作用网络 第一节 分子作用网络概述 生命网络, 就是生命系统中形态与功能上特化的细胞集团之间, 以及各种生物大分子在组合上相互关联的结构形式； 它相互联系并跨越生命系统各层次, 使生命运动呈现组织性、确定性、稳定性、协调性的功能； 它是生命系统细胞与细胞内、外环境之间进行物质、能量、信息转换的渠道。 基序——网络的“关系单元” “网络基序”（network motif） 某些特定的关系种类在网络中反复出现，形成网络的典型连接方式；不同类型的网络具有不同的典型连接方式。研究者把这些特定的关系种类称为“网络基序”，认为它们是一个网络的基本构造单元。 大肠杆菌转录调控网络中最常出现的基序有三种 第一种被称为“前馈环”（feedforward loop） 第二种是“单输入模式”（single input module） 第三种基序被称为“高重叠调控”（dense overlapping regulon）型 “前馈环”（feedforward loop）：转录因子X作用于第2个转录因子Y，X和Y两个因子共同调节操纵子Z的表达。该网络中有40个操纵子属于这种前馈环基序。前馈环可以使操纵子只对持续出现的转录信号起反应。 “单输入模式”（single input module），即一个转录因子控制一系列相关的操纵子。这种基序可以用一个信号控制所有相关的操纵子，使之产生同样的正调节反应或同样的负调节反应。单输入模式基序在大肠杆菌的调控网络中影响着68个操纵子，大多是涉及代谢或蛋白质装配的途径。 “高重叠调控”（dense overlapping regulon）型。大肠杆菌内近一半的操纵子都是建立在这种调控关系下，即一组转录因子对多个操纵子采用相互重叠的、密集的控制方式。 模块——网络的“结构单元” 生物大分子如蛋白质之间常常发生非常紧密的相互作用，并形成具有明确空间形态的复合物。这种由许多分子相互结合形成的，有着稳定结构和功能的复合体，称为“模块”（module）。 模块有两个显著特征： 模块内的分子与分子间有着直接的相互作用； 模块与模块或模块与非模块之间有着清晰的边界。 细胞内的模块并不是固定不变的“积木块”。它们通常在某个时空状态下聚合，以完成特定的功能，然后再解离。 网络——生物系统的基本形式 现在的研究表明，在细胞内的各种代谢途径和信号转导通路之间，都有着广泛的相互作用，从而形成了具有二个以上的输入和输出的结构，称为“网络”（network）。 网络是一个含义比较广泛的概念。在许多文献中，网络常常被视为系统本身。但在生物学家看来，网络通常只是生物系统的基本组成部分，负责一种特定的功能，例如细胞系统内的信号转导网络、代谢网络等。 代谢网络 无尺度网络示意图 许多自然状态下的网络还表现出一种特别的属性：少数节点的连接数远高于平均的节点连接数。这类网络被称为“无尺度网络”（scale-free network）（左图），属于高度非均一性的网络。它具有真实网络中最常见的两个特性：增长（growth）和偏好连接（preferential a