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拓展知识：蛋白质数据库与酶结构的可视化 一、蛋白质数据库 酶分子量大，结构复杂且数量巨大,所以使用计算机数据库和分子可视化程序已成为研究 生物化学的必不可少的工具。在可在线获得的各种数据库中，由京都大学生物信息学中心 Kanehisa 实 验 室 维 护 的 “ 京 都 基 因 和 基 因 组 百 科 全 书 ” （ KEGG ） 数 据 库 （http://www.genome.ad.jp/KEGG） ，对获取我们将在接下来的几章叙述的生物合成信息途 径是有用的。为了获得关于某一种特定酶的信息，由德国科隆大学生物化学研究所维护的 BRENDA数据库(http://www.brenda.uni-koeln.de) 是特别有价值的。 也许所有生物数据库中最有用的是由结构生物信息学研究协作中心(RCSB)运作的蛋白质 数据库(PDB)。PDB是一个全球范围的生物大分子x射线和核磁共振结构数据的存储库。到2013 年末，有超过94,000个结构的数据，同时每年新增9000个。要访问蛋白质数据库，请访问 /pdb/ ，将出现如图19.11所示的主页。但是，由于在线上有很多可用的 内容，PDB站点正在快速变化，所以您可能看不到完全相同的内容。 图1 蛋白质数据库主页 1 / 4 学习如何使用PDB,首先屏幕上方的寻找“PDB-101”,选择“Understanding PDB”，然后 开始探索。假设您想查看柠檬酸合成酶,图19.9所示的酶，它可以催化乙酰辅酶加到草酰乙酸， 从而得到柠檬酸。将“citrate synthase”输入到顶部的小搜索窗口中，点击“Site search”， 会出现一个超过300个(!)结构的列表。向下滚动，直到找到5CTS的PDB码，标题为“Proposed Mechanism for the Condensation Reaction of Citrate Synthase: 1.9 Angstrom Structure of the Ternary Complex with Oxaloacetate and Carboxymethyl Coenzyme A”。或者,如果 您知道自己想要的酶的代码,可以直接输入到搜索窗口。点击进入5CTS的PDB码，将打开一个包 含酶信息的新页面。 如果您选择，也可以下载结构文件到您的计算机，并可以使用大多数的分子图形程序打开 它，会看到一个如图19.12类似的图像。生物活性分子主要由显示为螺旋带的α-螺旋区域组成 的两个相同的亚基构成的二聚体。现在，只需看看屏幕右上角的