应用文献轮廓挖掘技术分析黑斑息肉综合征差异表达基因.docVIP

应用文献轮廓挖掘技术分析黑斑息肉综合征差异表达基因 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：应用文献轮廓挖掘技术分析黑斑息肉综合征差异表达基因 1 1材料和方法 2 文2：黑斑息肉综合征研究进展 6 1、PJS并发症与合并症 6 2、PJS的有关基因 7 3、PJS的放射诊断 8 4、PJS的超声表现 8 5、有关PJS的治疗 8 参考文摘引言： 9 原创性声明（模板） 10 文章致谢（模板） 10 正文 应用文献轮廓挖掘技术分析黑斑息肉综合征差异表达基因 文1：应用文献轮廓挖掘技术分析黑斑息肉综合征差异表达基因 Mining Gene Expression Microarray Data of Peutz　Jeghe Syndrome by Literature Profiling Dai Yichen, Huang Zhongxi, Song Yugang, Xie Junpei, Zeng Wei of Gastroenterology, PLA Hospital, Xiamen 361003, China; Hospital, Guangzhou 510515, China Abstract： ObjectiveTo search for the studies on PeutzJeghe syndrome (PJS)related genes. MethodsPJS microarray gene expression data was mined by literature profiling. The search was based on the analysis of literature profiles generated by extracting the frequencies of certain terms from the abstracts on these different expression genes stored in the Medline literature database. Terms are then filtered on the basis of both repetitive occurrence and cooccurrence among multiple gene entries. Finally, clustering analysis with Cluster and Treeview program was performed. ResultsCOL6A2 and COL6A3 were the two novel genes related with PJS polyps. ConclusionCOL6A2 and COL6A3 genes may play an important role in the pathogenesis of PJS polyps. Key words： PeutzJeghe syndrome; microarray; literature profiling;computational biology 我们应用文献轮廓挖掘技术分析PJS基因差异表达情况，揭示参与PJS形成的多个基因的功能关系以及发现特异性的相关基因，进而揭示PJS形成的可能机制。 1材料和方法 11获取差异表达基因把资料完整地入选病例分为大肠腺瘤组、PJS大肠息肉组和正常大肠黏膜对照组。大肠镜检查术中留取的新鲜组织标本液氮冻存备用，按Trizol 一步法提取样品组织总RNA，经质量检测后，将各组的RNA样品等量混合，进行反转录荧光标记，用Cy3dUTP标记大肠腺瘤组和大肠PJS息肉组的cDNA，用Cy5dUTP标记正常大肠黏膜组的cDNA。将已标记的样品cDNA探针与深圳微芯生物公司提供的含有8 064个人类靶基因的基因表达谱芯片进行杂交，经清洗、扫描仪扫描荧光图像、提取杂交信号，经转换后以数据形式输出，对数据进行标准化处理后用生物信息学软件进行生物信息学分析。以芯片中密度值在5×108以上的数据点为有效数据，同时把比值2或的数据点作为存在显著性表达差异基因点的筛选标准，筛选各组间差异表达的基因。根据差异表达基因的筛选标准，选取已知基因名称的差异表达基因。大肠PJS息肉特异性表达变化的基因有270个，其中已知基因259个，EST 11个。 获取基因的相关摘要通过检索在PUBMED文献中那些在标题中包含基因的官方名称、缩写或别称的条目来获取基因的相关文献。如果检索到的文献不足5篇， 则需进一步扩展到摘要中包含基因名称的条目，