水稻种质资源遗传多样性的ssr分析.docxVIP

水稻种质资源遗传多样性的ssr分析 水稻是重要的耕作种类。不同的地理、生态和文化环境形成了丰富多样的资源组合。优良种质资源长期保存的费用昂贵,收集新资源、鉴定和淘汰重复的资源是种质资源研究的经常性任务。随着分子生物学的发展,分子标记技术已广泛应用于水稻种质资源研究。研究以27个优异水稻种质资源(包括15个优质种质资源和12个光温敏核不育种质资源)为材料,进行SSR分析、多样性评价和聚类分析,以期为这些稻种资源的遗传改良和杂交配组提供参考;同时制定各稻种资源的分子身份证,为品种的保护提供依据;进而探索新的分子身份证数据记录方法的可行性,拟在不影响结果准确性的前提下,减少工作量,简化步骤,为稻种资源鉴定提供技术支持。 1 材料和方法 1.1 试验材料 选取15个水稻优质种质资源和12个水稻光温敏核不育种质资源作为供试材料(表1)。 1.2 测试方法 1.2.1 引用ssor方法的选择 采用中华人民共和国农业行业标准《水稻品种鉴定DNA指纹方法》(NY/T1433-2007) 1.2.2 来自水稻组的dna提取 参照Murray等 1.2.3 pcr反应和产物分离 PCR反应及产物分离参照中华人民共和国农业行业标准NY/T 1433-2007 1.2.4 ssr带型树状图的绘制 根据PAGE凝胶电泳的结果,在相同迁移率位置上,有带的记为“1”,无带的记为“0”,缺失条带的记为“2”。将统计完的0、1、2数字矩阵输入Microsoft Excel工作表,随后转化为Microsoft Excel 5.0/95的版本保存,接着用NTedit软件打开,读取数据,将数据转化为.nts的格式保存。然后用NTsys软件对已经用NTedit软件处理后的数据进行资源间遗传相似系数(GS)的计算,由遗传相似系数的数据矩阵,采用非加权配对算术平均法(UPGMA)绘制资源间遗传关系树状图。根据Smith等 2 结果与分析 2.1 ssr引物扩增条带 24对SSR引物在27个资源中共扩增出了104个等位变异片段,平均每对引物扩增的条带数为4.3条,图1是引物RM274扩增的结果,24对引物扩增的遗传多样性信息如表2所示。由表2可知,引物扩增的条带数从2条至7条不等,其中SSR引物RM219与RM258扩增的条带数均为7,为所有引物中最多。从各引物扩增的条带数量分布上来看,扩增条带数为2条和7条的引物数量均为2对,各占8.3%,扩增条带数为6条的引物数量为3对,占12.5%,此外,分别有4对引物扩增的条带数为3和5条,各占16.7%,而扩增条带数量为4条的引物有9对,数量最多,占37.5%,即等位基因位点为3~5个的引物占全部引物的70.8%。24对SSR引物在27个资源中的平均Nei基因多样性指数为0.533,不同引物的Nei基因多样性指数变化范围为0.071~0.820。由于Nei基因多样性指数是等位基因数和频率的函数 24对SSR引物在15个优质水稻资源中共扩增出85条条带,引物扩增的条带数从2条至6条不等,平均每对SSR引物扩增的条带数为3.5条;不同引物的Nei基因多样性指数变化范围为0.124~0.738,平均Nei基因多样性指数为0.482。而在光温敏核不育资源中共扩增出76条条带,每对引物的扩增条带数同样从2条至6条不等,平均每对SSR引物扩增条带数为3.2条;不同引物的Nei基因多样性指数变化范围为0~0.778,平均Nei基因多样性指数为0.497,略高于优质资源。 2.2 聚类分析和分子标记的计算 根据SSR分子标记数据得到的在优质资源和光温敏核不育资源总共27个资源中的遗传相似系数变化范围为0.548 1~0.932 7,平均遗传相似系数为0.753 6,其中资源1892S和C815S的遗传相似系数最大,为0.932 7,表明两者的亲缘关系在所用试验种质资源中较近;资源04-657与04-658的遗传相似系数最小,为0.548 1,表明两者的亲缘关系在所用试验种质资源中较远。忽略优质资源和光温敏核不育资源各自自身的聚类,两个资源群体间的遗传相似系数为0.586 5~0.884 6,其中遗传相似系数为0.884 6的两个资源分别是Basmati super fine与2301S,而遗传相似系数为0.586 5的两个资源分别是04-658和1103S。 将优质资源的SSR分子标记数据单独统计,进行遗传相似系数的计算,其变化范围为0.447 1~0.870 6,平均遗传相似系数为0.704 3。优质资源霸王占与9598的遗传相似系数最大(0.870 6),而优质资源04-657与04-658的遗传相似系数最小(0.447 1),该结果与27个资源总体聚类结果吻合。 将光温敏核不育资源的SSR分子标记数据单独统计,进行遗传相似系数的计算,其变