计算表观遗传学的兴起与发展.pptVIP

高通量实验技术介绍 ChIP-chip 染色质免疫共沉淀-芯片法 （Chromatin?Immunoprecipitation-chip ChIP-Seq 染色质免疫沉淀-测序 当前第62页\共有103页\编于星期三\15点 组蛋白修饰的研究 基于ChIP-seq数据HMM方法识别全基因组的差异组蛋白修饰位点 当前第63页\共有103页\编于星期三\15点 目的：表观遗传修饰是调控基因表达和基因组功能的一个主要因素。在不同的表观遗传修饰中，差异组蛋白修饰位点（DHMSs）是不同细胞类型、时期和环境影响时，表观遗传动态性质和基因表达调控的一个研究热点。为了测定全基因组的组蛋白修饰，ChIP-seq技术是一种有效的方法。因此，通过比较两个ChIP-seq文库可以识别潜在的DHMSs。 结果：我们的目的是识别DHMSs，提出一种称为ChIPDiff的方法来通过ChIP-seq测定的数据全基因组比对组蛋白修饰位点。基于观察的ChIP片段数，提出了一个隐马模型的方法推断每个基因组位置的组蛋白修饰变化状态。我们通过比对小鼠ESC和NPC细胞的H3K27me3修饰位点来评估ChIPDiff的效果。我们证明了此方法确定H3K27me3 的DHMSs具有高灵敏度，特异性和重复性。进一步应用ChIPDiff揭示不同细胞时期的差异H3K4me3和H3K36me3位点。我们研究中的比对有很多有趣的生物学发现。 当前第64页\共有103页\编于星期三\15点 Few computational predictive models for histone modifications. – Yuan et al. (2006) established a simple regression model to approximate the regulatory effect of histone acetylation Many correlation analysis – The relationship between histone modifications and gene activities – How different histone modifications cooperate in gene regulation Computational studies of histone modification 当前第65页\共有103页\编于星期三\15点 组蛋白修饰与基因表达的关系 利用贝叶斯网络推测组蛋 白各种不同修饰和基因表 达之间的因果关系及组合 关系。 组蛋白各种不同修饰和基因表达之间建立的贝叶斯网络具有很好的交叉验证结果。它不仅吻合很多已知的组蛋白与基表达的关系（如H3K27me3抑制基因表 达，H3K4me3促进因表达，以及这两种修饰的共同影响），而且发现了许多新的组蛋白修饰和基因表达之间的关系，以及组蛋白修饰相互之间形成的逻辑关 系。? 当前第66页\共有103页\编于星期三\15点 当前第67页\共有103页\编于星期三\15点 2007 全基因组20个组蛋白赖氨酸和精氨酸甲基化的高分辨率的图谱 当前第68页\共有103页\编于星期三\15点 提供了关于组蛋白甲基化的功能和染色质组织基因组功能的新的见解 提供了关于组蛋白甲基化的功能和染色质组织基因组功能的新的见解 提供了关于组蛋白甲基化的功能和染色质组织基因组功能的新的见解 提供了关于组蛋白甲基化的功能和染色质组织基因组功能的新的见解 人类全基因组组蛋白变体 H2A.Z、RNA聚合酶II和隔 离子结合蛋白CTCF。在启 动子、隔离子、增强子和 转录区域典型的组蛋白甲 基化模式被识别出来。 H3K27、H3K9、H4K20、 H3K79和H2BK5的单甲基化 都与基因活化相关， 而H3K27、H3K9和H3K79 三甲基化都与基因抑制 相关。 H2A.Z与功能调 控元件相关，而CTCF标 记在组蛋白甲基化区域 边界。染色体带型与独 特组蛋白修饰模式相关。 当前第69页\共有103页\编于星期三\15点 人类CD4+ T细胞中分析39种组蛋白修饰的模式 2008. 当前第70页\共有103页\编于星期三\15点 2007 组蛋白修饰交互调控 当前第71页\共有103页\编于星期三\15点 组蛋白不同的翻译后修饰可以调控许多生理学过程。 这些共价的修饰显示出很多交互的调控，有丰富的调控潜能。 当前第72页\共有103页\编于星期三\15点 大量的模式与启动子和增强子相关 识别出一个修饰模块，包含在3286个 启动子中检测到