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微生物生态学研究的现状与展望 微生物是地球生物圈的重要组成部分。研究自然界中微生物的生物多样性和微生物种群之间的相互作用以及测定自然界中微生物的活动并且监测它们对生态系统的影响是微生物生态学的主要任务。当前,许多涉及国计民生的重大理论问题的解决都需要微生物生态学知识的应用。尽管近十几年来,由于分子生物学技术的发展,微生物生态学的研究深度及广度有所增加,但还远远不够。随着现代工农业的发展和全球气候变化的影响,许多有用的微生物资源正在消失,这更增强了人们希望客观真实的认识微生物生态的迫切性。 鉴定和监测微生物是微生物生态学研究的重要内容之一。其方法主要有以下几种:①显微镜检测。显微镜技术快速廉价,可以直接观察和大致分辨微生物,但是由于缺乏形态学方面的指标而不易得到可靠的结果。②微生物培养。培养的方法周期长,不适用于难培养的微生物,而且不能反映自然环境中微生物群落组成和多样性。③分子生物学检测。最近几年,数种分子标记方法如SSR、ISSR、AFLP、RAPD、SSCP和DGGE等的应用为研究微生物种群和鉴定微生物提供了新的途径。但是,这些基于PCR的方法可能会在扩增反应中引入误差,降低了所得信息的精确度。荧光原位杂交(FISH)技术作为一种不依赖PCR的分子分析技术是以上各种分子标记技术的有益补充,并同时提供形态学、数量、空间分布与细胞环境方面的信息,使人们可以对自然生境中的微生物进行动态地观察和鉴定。 1 fish技术在微生物生态学中的应用 FISH技术具有快速、准确、原位等诸多优点,故目前已成为微生物生态学各个领域研究中强有力的工具。 1.1 对微生物多样性的研究 环境中存在的微生物品种和数量远远超过已鉴定的微生物。在很长的一段时期内,微生物多样性的重要性未引起人们的重视。基于rRNA的分析技术改变了微生物种群结构描述困难的现状。但是,大部分的技术例如核酸抽提和PCR扩增都有一定程度的偏差。FISH技术可以将整体微生物环境清晰的呈像出来而不需要额外的抽提和扩增等易引起偏差的步骤。所以,FISH技术被广泛应用于环境微生物多样性的研究,例如水生环境中的微生物种群研究。Simon Nathalie,Biegala Isabelle等在2002年利用FISH技术研究海水中细菌和有害藻类种群之间的相互作用。Araya Ruben;Tani Katsuji等在2003年对溪流中和水中生物膜上的微生物群落进行了FISH研究。 FISH技术不仅提供静止的实验结果,还可以动态地观察流动水体中的微生物种群变化,可以检测季节更替对高山湖泊中微生物群落的影响。Liu J,Leff L G在2002年利用此技术监测了河流中微生物群落的动态变化。利用FISH技术得到了一些在人工条件下很难培养的菌种以及一些新的菌种信息。Girguis P R,Delong E F在2002年用厌氧富集的方法从深海沉积物中培养到一些古菌,随后使用FISH技术对这些古菌进行了鉴定。Mcnamara Christopher J,Lemke Michael J,Leff Laura G利用FISH技术对美国卡罗莱纳州南部溪流沉积物中可培养和不可培养的细菌群落进行了分析。所有这些研究对于人们理解环境中微生物种群的组成和动力学都有极大的重要性。 1.2 基于rna的fish技术致活性污泥 Ardern和 Lockett在1914年发明了活性污泥法处理污水。但是直到今天微生物种群在此工艺中的作用还没有完全了解清楚。培养的方法选择性强,不能提供可靠的信息。基于rRNA的FISH技术开始使人们逐渐摸清了微生物的作用机理。Lee T J等在2002年利用FISH技术研究了活性污泥中聚磷酸盐积累型细菌(PABs)和糖原积累型细菌(GABs)的数量和空间分布。Coskuner G,Curtis T P于2002年用FISH技术原位鉴定了活性污泥中硝化细菌群落的组成和分布,为理解污水处理中氮素循环提供了重要的信息。 1.3 原位杂交的原理 大部分的内共生微生物是难于培养的。利用16SrRNA技术,它们可以被鉴定和系统分类。在原生动物和真核细胞生物中有很多摄食泡或肠内的微生物不易和真正的内共生微生物区分。利用FISH技术的原位杂交原理可以对它们进行鉴别。Peraud O,Yousaf M,Hamana M T等于2002年对海绵体中微生物种群进行的分析,发现产生抗疟疾化合物ManzamineA的海绵可能仅仅只是真正产此化合物微生物的宿主。 1.4 fish技术在医学微生物生态学中的应用 1.4.1 fish技术的应用 (1) 口腔中的微生物 已经证明,FISH技术是分析正常的微生物群落和混合细菌感染的强有力的工具。利用FISH技术检测到在人类口腔中有300余种不同的细菌,其中大多数是很难培养或根本不