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dna拓扑异构酶的研究进展 异构dna是生命活动中的一个重要酶。通过激活单链或双链dna的打破和联合反应，可以改变dna的结构（zhalgou，1985196；cham蒲us，2001）。根据DNA链断裂反应过程中产生断口性质的不同,DNA拓扑异构酶可分为两类:Ⅰ类DNA拓扑异构酶(Type Ⅰ)引起DNA糖-磷酸骨架上的单链DNA的断裂;而Ⅱ类DNA拓扑异构酶(Type Ⅱ)引起双链DNA的断裂。根据作用端的不同,Type Ⅰ又可分为两类:ⅠA类DNA拓扑异构酶(Type ⅠA)作用于5′-端;而ⅠB类DNA拓扑异构酶(Type ⅠB)作用于3′-端。Type ⅠA包括细菌Topoisomerase Ⅰ、Topoisomerase Ⅲ、古细菌Reverse gyrase、古细菌Topo Ⅲ、真核生物Topo Ⅲ(Gangloff et al,1999;Dai et al,2003);Type ⅠB包括真核生物Topoisomerase Ⅰ(Topo Ⅰ)、病毒Topoisomerase Ⅰ、原核生物Topoisomerase Ⅴ(Topo Ⅴ)(Krogh Shuman,2002;Forterre,2006)。虽然,Type Ⅱ都是作用于5′-端,但根据其基因结构和作用机制的不同,又分为Type ⅡA和Type ⅡB。Type ⅡA类中的toprim(topoisomerase/primase)和CAP-like(catabolite-activitor protein-like)结构域分别分布于A和B两个亚基上,并且反应中需要金属离子参与,在断开DNA双链后产生4个碱基的错位,而Type ⅡB类中的toprim和CAP-like结构域都存在于A 亚基上,反应中不需要金属离子参与,断口只有两个碱基错位(Buhler et al,2001)。Type ⅡA包括真核生物Topoisomerase Ⅱ(Topo Ⅱ)、细菌DNA gyrase、极少数古细菌gyrase以及细菌Topoisomerase Ⅳ (Topo Ⅳ) (Wang,1985,1996;Champoux,2001);而Type ⅡB仅包括古细菌Topo Ⅵ(Buhler et al,2001)。 Type ⅠA、ⅡA和ⅡB具有两个相似的结构域,在断裂和结合DNA的过程中起作用,一个是CAP-like结构域,由于其折叠方式类似于E.coli的分解代谢物活化蛋白而得名,研究表明,CAP-like结构域不仅存在于Type ⅠA、ⅡA和ⅡB中,也存在于真核生物减数分裂重结合因子(Spo11)中(Champoux,2001;Nichols et al,1999);另一个是toprim结构域,不仅存在于Type ⅠA、ⅡA、ⅡB中,而且在细菌的引物酶(Primase)和核酸酶中也有发现(Corbett Berger,2004)。此外,在Type ⅠA中发现两个CAP-like结构域,即具有催化功能的CAP-like(d3)结构域和不具催化功能的CAP-like(d4)结构域,而CAP-like(d4)结构域的二级结构排列方式与Type ⅡA、ⅡB的类似(Liu Wang,1999)。先前的研究表明,Type ⅡB是祖先细胞的Type ⅡA的一个或者是两个亚单位在古细菌以及真核生物中通过复制、重组和缺失所造成;古细菌失去了Type ⅡA,保留了Type ⅡB,而真核生物失去了Type ⅡB中的B亚单位,保留了A亚单位,并且发展成为Spo11(Nichols et al,1999;Corbett Berger,2003a)。由于Type ⅠB的结构和功能与其他类酶的不同,显然没有同源性,鉴于Type ⅡB基因在toprim和CAP-like这两个重要结构域的连接方式与Type ⅠA、ⅡA的顺序完全不同,因此,本研究以Type ⅠA、ⅡA和ⅡB中都含有的toprim和CAP-like结构域为重点,进一步探讨了Type Ⅰ和Type Ⅱ之间的分子进化关系。 1 生物组的基因组和nj树 本文所用的序列都取自SWISS-PROT蛋白质序列数据库(Bairoch Apweiler,2000),结构域的定义来自于SCOP数据库(Murzin Brenner,1995),所用到的基因组信息均来自于GenBank数据库(Benson et al,1997)。序列用Clustal W程序(Thompson et al,1994)进行比对,比对结果利用PHYLIP软件包构建NJ树进行系统演化分析(Felsenstein,1996)。各个结构域在各种生物基因中的分布,运用PSI-BLAST(E值≤0.005)对美国国立生物技术信息中心(NCBI)的微生物基因组数据库(Altschul