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rrna基因在生物分类中的应用 生物分类的目的是探索生物的系统发育及其发展历史，阐明生物的多样性及其亲和力，建立以系统发育为基础的多层次自然分类体系。这一愿望的实现依赖于对具有生物计时器特点的大分子物质的分析,如rRNA基因的核苷酸序列分析,RNA聚合酶β亚基、ATPaseβ亚基、蛋白质合成延伸因子EF-Tu等蛋白质的氨基酸序列分析。一般而言,氨基酸序列测定远比核苷酸序列测定复杂,因此目前在系统发育研究中应用最多的是rRNA基因。本文就rRNA基因的特征、序列分析的程序、在生物分类中的应用及与传统分类的关系综述如下。 1 rrna基因生物生物研究的重要意义 70年代以来,由于基因克隆和核酸序列分析技术取得了一系列突破性进展,尤其是PCR技术的问世,使rRNA基因的序列分析被广泛应用于生物系统发育研究,这主要是因为rRNA基因具有作为系统发育研究的大分子的全部特征。综合目前的分子分类理论,这些特征主要表现在以下几个方面: 1.1 rRNA基因存在于所有细胞型生物中,且都在蛋白质合成过程中起关键作用,所以具有功能和进化的同源性,这不仅为生物起源于一个共同祖先提供了证据,而且rRNA基因还能够作为一个通用分子指标,对各种类型的生物进行比较和分析。 1.2 rRNA基因是生物细胞基因组中重要而稳定的组成成份,不像质粒DNA那样可以在不同生物之间自由转移,因此对其序列分析的结果可正确地反映生物的进化关系。 1.3 rRNA基因是细胞中最古老的分子之一,这对于研究生物物种的发生和分歧的年代有重要的意义。 1.4 rRNA基因在各种生物细胞中是数百个拷贝的高度重复序列,含量丰富,易于制备,是进行序列分析的极好材料。 1.5 rRNA基因分子量大小适中,且包含有较多的进化信息,存在着进化速率不同的结构区,以及交替分布的结构模式(见图1)。其中保守区核苷酸序列变异较少(序列相似性在70%以上),可用于亲缘关系较远的生物类群之间的比较;高变区核苷酸序列的变异较大,可用于两个亲缘关系十分接近的物种之间的比较。 rRNA基因的上述特性决定了这一分子是作为生物系统发育分类和未知生物鉴定的最佳分子指标。 2 rrna基因序列的分析和系统发育的生成 目前用于rRNA基因序列分析和生物系统发育研究的整个流程可归纳如下: 3 生物分类信息 rRNA基因序列的分析和该基因结构进化模式的阐述,为生物提供了丰富而有价值的分类信息。根据信息的来源可以找到从界到种各级分类阶元的分子特征,建立生物分子分类标准,纠正以表型性状为主要依据的传统分类系统,完善系统发育分类体系,探求生命起源和生物的进化。这一领域的进展可概括如下: 3.1 古细菌的筛选和鉴定 由于rRNA基因保守区的核苷酸变异较少,所以这一区域很可能与生物的高级分类阶元有关。Woese深信这一点,并花去整整10年时间用繁琐的寡核苷酸编目法研究了60个不同细菌的16S或18S rRNA基因序列(见表1),并根据遗传距离排序,用计算机分析出rRNA的信号序列,从而发现了第三种生命形式——古细菌,并于1987年在总结rRNA研究结果的基础上提出了一个包含产甲烷细菌、嗜盐细菌和嗜热嗜酸细菌的特殊生物分类阶元,绘制了具有三个领域的系统发育树(见图2)。与真核生物和真细菌相比较,古细菌不仅具有特征的rRNA基因序列,而且具有特殊的细胞壁及辅酶M、F420、F430、甲烷喋呤和甲烷呋喃等特有的化合物。这些特点使古细菌成为微生物学者的研究热点。 3.2 rrna基因转录间隔区的核苷酸序列及与其它生物的属、种间系统学的关系 物种是生物分类的基本单元,长期以来划分物种的主要依据是生物的形态和生殖标准,然而随着细胞型生物rRNA基因序列的逐步揭示,对这一分子种间异质性和种内均一性的分析,使人们发现rRNA基因转录间隔区的核苷酸序列在各类生物的属、种间表现出明显的差异,可作为不同分类阶元的特征鉴别序列,如兰细菌16S-23S rRNA基因转录间隔区中有一个非常保守的20个核苷酸的序列,沙门氏菌属则有一个长达70个核苷酸的特征序列。这些惊人的发现是国际上采用转录间隔区作为各种生物类群属种间分类与系统学研究的主要原因。人们试图通过大量的测序数据分析寻找各种生物物种界定的分子标准,以简化传统的生物鉴定程序,建立国际通用的生物鉴定分子标准数据库。 4 rna基因分析在生物分类中的应用 生物的表型性状是其遗传信息在特定外界环境条件下的表达,因此以表型性状为主要分类依据的传统分类系统难以完全排除环境因素的影响以反映生物体之间的亲缘关系。而rRNA基因是结构保守、进化速度缓慢的一种具有记录生物进化历史的特征分子,以其为分类依据建立的系统发育分类系统只与生物的遗传结构有关,因此rRNA基因分析在生物分类中的普遍应用,使目前生物分类系统尤其是细菌分类系