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16西北药学杂志2025年7月第40卷第4期

·基础研究·

胶州延胡索基因组调研及简单重复序列特征分析

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张娜,王坦,徐皓,杨洁,符纯美,牛恒磊,徐顶巧

1.汉中职业技术学院药学院，汉中723002；2.汉中职业技术学院附属医院内一科，汉中723000；3.陕西理工大学生物科学与工

程学院，汉中723000；4.陕西中医药大学药学院，咸阳712046

摘要：目的基于基因组调研分析，研究药用植物胶州延胡索的基因组遗传信息。方法采用Illumina高通量测序技术，借助

K-mer分析工具揭示胶州延胡索的基因组大小、杂合率和鸟嘌呤-胞嘧啶（guanine-cytosine，GC）含量等分子遗传学特征，利用微

卫星序列识别工具（microsatelliteidentificationtool，MISA）分析其简单重复序列（simplesequencerepeat，SSR）特征。结果结果

表明胶州延胡索为三倍体，基因组的大小约为573.97Mb，基因组的GC含量为39.18%；根据样品K-mer曲线偏离泊松分布，推测

该样品的高杂合基因组杂合度为1.71%，重复序列比例为65.53%。提取reads中前50000条序列与核苷酸序列（nucleotide，NT）

数据库进行基本局部比对搜索工具（basiclocalalignmentsearchtool，BLAST）比对，结果显示，五台山延胡索Corydalis

hsiaowutaishanensisT.P.Wang是比对上最多的物种，占比38.97%，表明胶州延胡索与同科同属植物五台山延胡索的来缘关系较

近。此外对基因组序列进行SSR特征分析，共鉴定出864360个SSR，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复基序的占比依次为

77.0%、11.6%、9.7%。结论胶州延胡索的复杂基因组高杂合、高重复，该研究为构建延胡索精细测序基因组文库提供依据，同

时为其基因资源的保护、利用以及SSR分子标记的开发和应用提供参考。

关键词：胶州延胡索；基因组大小；杂合率；简单重复序列

DOI:10.3969/j.issn.1004-2407.2025.04.003

中图分类号：R282文献标志码：A文章编号：1004-2407（2025）04-0016-06

GenomesurveyandcharacteristicanalysisofsimplesequencerepeatinCorydalis

kiautschouensisV.Poelln

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ZHANGNa,WANGTan,XUHao,YANGJie,FUChunmei,NIUHenglei,XUDingqiao

1.CollegeofPharmacy，HanzhongVocationalandTechnicalCollege，Hanzhong723002，China；2.No.1InternalMedicine

Department，AffiliatedHospitalofHanzhongVocationalandTechnicalCollege，Hanzhong723000，China；3.CollegeofBiological

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