SeedFold-IntelliFold-2-AlphaFold 结构生物学的转折点：SeedFold、IntelliFold-2 与AlphaFold系的深度架构与性能对比分析.pdfVIP

SeedFoldIntelliFold-2AlphaFold

结构生物学的转折点：、与

系的深度架构与性能对比分析

1.引言：从结构预测到生物分子基础模型

在过去五年中，计算生物学经历了一场深刻的范式转移，其核心驱动力在于深度学习

技术在蛋白质结构预测领域的突破性应用。从AlphaFold2的问世标志着单体蛋白质折叠

问题的“解决”，到AlphaFold3进一步将预测范围拓展至蛋白质、核酸、小分子配体及修

饰的统一复合物预测，人工智能在生物科学（AIforScience）领域的应用边界不断被拓

宽。然而，随着AlphaFold3架构的发布，尽管其在多模态生物分子相互作用预测上取得

了显著进展，但其昂贵的计算成本、闭源的商业策略以及在高难度靶点（如抗体-抗原相

互作用、大分子复合物）上的性能局限，为学术界和工业界留下了巨大的优化空间。

在此背景下，2025年末至2026年初，开源社区涌现出了两款具有里程碑意义的模

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型：字节跳动ByteDanceSeed团队推出的SeedFold与IntelliGen-AI团队发布的

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IntelliFold-2。这两款模型不仅是对AlphaFold3的复现，更在架构设计、算法效率和训

练策略上提出了根本性的创新。SeedFold通过引入线性三角注意力机制（Linear

TriangularAttention）和宽度扩展策略，试图打破Transformer架构在长序列建模上的计算

复杂度瓶颈；而IntelliFold-2则引入了强化学习（PPO）与随机原子化（Stochastic

Atomization）技术，旨在解决生成式扩散模型在采样稳定性与结构一致性上的固有缺陷。

本报告旨在提供一份详尽的、专家级的技术分析，基于SeedFold和IntelliFold-2的

原始技术论文及最新发布的基准测试数据，深入剖析这两款模型与DeepMind的

AlphaFold3（及处于研发与传闻阶段的AlphaFold4）在架构设计哲学、核心算法实现、

性能基准表现以及适用场景上的异同。分析表明，虽然AlphaFold3确立了当前的行业基

线，但SeedFold与IntelliFold-2通过差异化的技术路线——前者侧重于算力效率与模型

容量的极致扩展，后者侧重于生成质量的策略优化——正在重塑生物分子预测的技术版

图。

2.演进的基线：AlphaFold3与AlphaFold4的技术现状

在深入探讨挑战者之前，必须首先解构被视为当前“黄金标准”的AlphaFold3及其继

任者AlphaFold4的技术特征与局限性。这不仅构成了SeedFold与IntelliFold-2创新的背

景板，也定义了当前领域试图超越的性能边界。

2.1AlphaFold3：扩散模型与Pairformer的融合

AlphaFold3（AF3）架构的推出，标志着从AlphaFold2的Evoformer架构向更通

用、更少依赖多序列比对（MSA）的架构转型。AF3的核心设计理念在于统一处理所有

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生物分子类型（蛋白质、RNA、DNA、配体），这要求模型具备极强的通用表征能力。

2.1.1Pairformer模块

AF3摒弃了AF2中计算密集的Evoformer，转而采用Pairformer模块。Pairformer大

幅减少了对MSA处理的依赖，转而将计算重心放在成对表示（PairRepresentation）上。

这种设计虽然提高了对不同分子类型的适应性，但也引入了显著的计算瓶颈。Pairformer

中的核心组件——三角注意力（TriangularAttention）机制，旨在通过显式地模拟残基对

之间的几何约束（如三角不等式）来更新成对表示。然而，标准三角注意力机制的时间和