雀形目雀形科26种鸟类的分子进化关系研究.docVIP

【标题】雀形目雀形科26种鸟类的分子进化关系研究 【作者】陈 佳 【关键词】雀形目??细胞色素b基因? DNA序列??分子进化 【指导老师】吴少斌 【专业】生物科学 【正文】1?引言雀形目是鸟类中最大的一目，在鸟类进化史上，比其他目出现较晚而且处于剧烈的辐射进化阶段[1]。由于该类群的形态及行为特征复杂且不易区分，因此有关该类群的起源及各科演化关系问题一直是鸟类分类学家争论的热点之一。雀科是鸟纲中物种数最多的科，约占现存鸟类物种总数的10%(雀形目的20%)，在自然界中有着广泛的适应辐射；鹀属(Emberiza)隶属于雀形目雀科(Fringillidae)?鹀亚科(Emberizinae)[2]，全世界共有38种，主要分布于欧洲、亚洲及北非，其中分布在中国境内的有26种(傅桐生，1998)[3]。有关该类群的起源以及各亚科间的分类地位，一直是鸟类学界争论的问题，研究该类群物种的分类地位及进化关系对于深入了解雀形目乃至整个鸟纲的系统发育都具有重要的指导意义[4]。分子进化树是以不同物种的分子数据(如 mtDNA?)为依据构建的进化树。DNA序列分析通过比较各类群个体间同源基因或基因片段的核酸序列，从而构建分子系统发育树，推断类群间系统发育关系。目前在鸟类分子系统发育研究中，mtDNA序列的应用最为广泛。线粒体是真核细胞内重要的细胞器,能量生成的场所,还参与脂肪酸的合成及某些蛋白质的合成。多年来的研究发现线粒体有其自己的一套遗传控制系统,同时也受到细胞染色体DNA的控制。动物线粒体基因组是共价闭合的环状双链DNA[5]，在遗传上具有自主性，每个细胞中有1 000-10 000个拷贝,并且容易从组织中提纯,重复性好,可在电镜下观察到。基因组的结构比较简单、稳定,便于进行结果分析。关于雀形目鸟类线粒体DNA的研究，主要是序列分析和RFLP研究。Zink早在1990年就研究了雀形目鸟类mtDNA起源进化以及不同地理条件下种群变化,为该领域的研究工作积累了丰富的资料.后来Harlid等在应用鸟类线粒体基因组全序列进行系统发育分析时，发现雀形目鸟类是鸟类中最早分化出来的类群。2003年，Slack等用19个鸟类线粒体基因组全序列构建的系统树中，发现雀形目鸟类也位于进化支的底部。Cytb基因是鸟类mtDNA基因中研究最多的一种[6]。Moore等认为Cytb基因只适合用于雀形目鸟类分歧时间大于900万年以前的系统发育研究[7]。根据化石记录和Sibley? Ahlquist的DNA杂交资料显示,最近的科间分歧时间在1200-1 600万年,因此认为Cytb能在科间水平上显示良好的系统发育关系,而不适合用于科内水平间的系统发育关系。?但是，也有学者提出相反的意见.Helm-Bychowski等对鸣禽类3科鸟类的Cytb基因的序列进行比较,结果显示风鸟科(Paradisaeidae)与园丁鸟科(Ptilonorhynchidae)相比更接近鸦科(Corvidae)。而本论文就是通过Cytb研究的雀形科科内的分子进化关系[8]。近年来，动物线粒体DNA(mtDNA)的进化遗传学方面的研究成为分子进化遗传学领域的热点，通过DNA序列分析研究生物的进化过程，确立物种间的进化关系具有许多优越性，线粒体基因组由于其具有的遗传特点，成为研究真核生物分子遗传学、发育生物学和分子系统进化的一种重要的模式体系。通常认为，线粒体的细胞色素b基因既有足够的变异位点，又足够保守；实验证明细胞色素b基因不仅能够很好地构建鸟类高阶元的系统发育，而且能探讨鸟类不同种类的分子进化关系[9]。线粒体基因组遵循严格的母性遗传方式，这样1个个体就能代表1个母系集团，只需少量材料就能反映群体的遗传结构，便于进行群体分析。另外,线粒体基因组进化速度快，是单拷贝核DNA的5-10倍，群体内变异大，是进行群体遗传进化研究的良好材料[10]。细胞色素b基因已成为研究种内和近缘种间系统发育和遗传问题的理想工具之一?[11],它的部分或者全部序列被广泛地应用于动物类群的系统进化和分类研究中?[12]，所以本研究选用线粒体的细胞色素b基因作为本实验的材料。2?材料与方法从GeneBank中下载雀科鹀属各种鸟类线粒体DNA(mtDNA)?的cyt b序列（见表1.1），使用CLUSTAL X 7软件进行DNA序列比对，用分子进化遗传分析软件MEGA(KumerNei,1993)[13]分析各物种间DNA序列差异，以四川山鹧鸪为外群，采用邻接法(neighbor-joining method)和最大简约法(maximum parsimony)推演系统发生关系[14]，分别构建MP树和NJ树.NJ树和MP树各分的自举检验值为1 000次重复检验[15]。用MEGA软件