Petri网在代谢网络模块化分析中的应用.pdfVIP

218 2010．46(33) ComputerEngineeringandApplications计算机工程与应用 @工程与应 用@ Petri网在代谢网络模块化分析中的应用 丁德武 ，黄海生 ，吴 璞 ，王汝传 DING De—VCU，‘HUANG Hai-sheng，WU Pu，WANG Ru-chuan 1．池州学院 数学与计算机科学系 ，安徽 池州 247000 2．南京邮电大学 计算机学院，南京 210003 1．DepartmentofMathematicsand ComputerScience，Chizhou College，Chizhou，Anhui247000，China 2．SchoolofComputerScienceandTechnology，NanjingUniversityofPostsandTelecommunications，Nnajnig210003，China E—mail：dwding@yahoo．com．cn DING De-we，HUANG Hai-sheng，wu Pu，eta1．ApplicationofPetrinett0modularizationanabrsisofmetabolicnet- works．ComputerEngineeringandApplications，2010，46(33)：218-220． Abstract：M odulalization naalysis of metabolic networks can be helpfulto un derstand the structure nad function of htese networks．However．almostallcurrentmethods considermeatbolic newt orks as generalcomplex networks．and resulted mod． ules ale often ofbiologicalinsignificance．By applying Petrinetto riboflavin meatbolism newt ork in Bacillus subtilis，the re· suits suggestthatT-invalinatofPetrinetisusable foridenfifying functionalmodulesin metabolicnewt orks，wiht betterbio· logicalsing ificna ce． Key words：Petrinet；metabolicnewt ork；complexnewt ork；modularization 摘 要：代谢网络的模块化分析有助于理解网络的结构和功能。然而，当前众多的模块化分析方法大多将代谢网络考虑为普通 的复杂网络，所得模块的生物学意义较低。对枯草芽孢杆菌的核黄素代谢进行Petri网建模分析，研究结果表明：Petri网的 不变 量可用于识别代谢网络中的功能模块，具备较好的生物学意义。 关键词：Petri网；代谢网络；复杂网络；模块化 DOI：10．37788．issn．1002—8331．2010．33．062 文章编号：1002—8331(2010)33—0218—03 文献标识码：A 中图分类号：TP391 自20世纪60年代CarlAdamPetri博士提出使用Petri网 法大多将生化网络考虑为普通的复杂网络，很难判断所得到 对离散并行系统建模分析以来，该方法备受关注。经过半个 的模块是否具有实际意义。本文采用Petri网技术研究了代谢 世纪的发展 ，Petri网技术已广泛应用于众多领域，如：工作流 网络 ，研究表明Petri网 不变量可用于识别代谢网络的功能 技术、柔性制造系统、采购业务、指挥信息系统、生产管理等 模块。 等。鉴于Petri网技术 ：(1)具备严格的数学表述方式；(2)具有 直观易懂的图形表示方法；(3)已有大量相关算法和分析工 1 代谢模型 具，它已被广泛应用于生化网络的研究中，逐渐成为一种描述 选用枯草芽孢杆菌 (Bacillussubtilis)的核黄素代谢为例 和分析生化网络的有力工具n。