酶蛋白质β-发夹模体配体结合位点的统计分析及预测.pdfVIP

内蒙古工业大学学报 JOURNALOFINNERMONGOLIA 第3O卷 第 3期 UNIVERSn-YOFTECHN0LOGY 文章编号：1001—5167(2011)03—0004—09 酶蛋 白质 I3一发夹模体配体结合位点的 统计分析及预测 胡秀珍，刘星星 (内蒙古工业大学理学院，呼和浩特 010051) 摘要：从酶蛋白质loop分类数据库ArchDB_EC中整理得到了1397个含配 体结合位点卢一发夹 ，对卢一发夹中的配体结合位点进行了统计分析。在 此基础上 ，提取序列片段的氨基酸组分、位点氨基酸组分和位点亲疏水特 征组分为参数集 ，采用mRMR方法对该参数集进行优化筛选，将优化后的 最优参数子集输入支持向量机，对酶蛋白质 一发夹中几种常见配体结合 位点类型进行了初步预测。 关键词 ：酶； 一发夹模体 ；配体结合位点；支持向量机；mRMR 中图分类号：Q61 文献标识码 ：A 0 引 言 一 直以来，酶都被认为是生物体内活细胞产生的一种极为重要生物催化剂。生物体生命活动中的 消化、吸收、呼吸、运动和生殖都是酶促反应过程，细胞新陈代谢包括的所有化学反应几乎都是在酶的作 用下进行的，同时酶也是最为重要的药物靶点。因此，对于酶结构及功能的研究对生命科学的发展至关 重要。而所有酶的功能，无论是传递信号、转运或是催化，都依赖于与它结合的其他分子，即配体。酶与 配体结合 ，关系到配体和蛋 白质表面之间的非共价相互作用的形成，以此来实现和调控 自身的功能，或 是稳定结构，或是导致 自身构象改变以影响周围微环境以间接调控其他的蛋白质作用…。 蛋 白质的超二级结构是一种介于二级结构和三级结构之间的空间结构，这种具有一定几何排列的 局域空间结构是 由两个或几个二级结构被连接多肽(1oop)连接而形成的。Gurunath在 1995年对几种常 见的超二级结构进行了研究，给出了 — ，0c一卢，卢一 和 一3／等构象类型，对于 一 模体，如果两个反 平行的 —Strand被 loop连接，且两个Strand之间存在一个或多个氢键，则称此模体为 一发夹，否则为 非 一发夹。由于 一发夹是Strand的简单排列，它们包含了丰富的折叠信息，一发夹的正确识别有助 于折叠的识别 J。因此，学者们对 3／一发夹的理论预测做了许多工作 矗J。但是，不同类别蛋白质中的 一 发夹结构是具有其 自身特点的，由于酶蛋 白质卢一发夹模体常常含有重要的配体结合位点，如GOL、 ATP或zn、ca和 Mg等金属离子结合位点，因此对有配体结合位点的B一发夹模体进行研究有着极其重 要的意义 。 本文基于我们小组之前对各类蛋 白质中的JB一发夹模体研究工作 ，8J，对酶蛋 白质 一发夹中的配 体结合位点进行了统计分析和预测。文中统计分析了配体结合位点、非配体结合位点的氨基酸组分、每 类配体结合位点的氨基酸组分、位点氨基酸组分和位点亲疏水组分；通过采用配体结合位点中心氨基酸 作者简介：胡秀珍(1964．11)，女，内蒙古工业大学理学院，教授，博士，硕导． 基金项 目：国家 自然科学基金项 目；内蒙古 自然科学基金项 目(2009MS01】1) 184 内蒙古工业大学学报 2011年 片段截取法来滑动窗口，以截取固定长片段；同时利用 mRMR方法对基础参数进行优化筛选来降维，并 将降维后的参数输入支持向量机，对 一发夹中出现频次较高配体结合位点类型进行了预测。 1 材料和方法 1．1 材料的选取 ArchDB(http：／／sbi．imim．es／cgi—bin／archdb／loops．p1)数据库是依据已知的蛋 白质结构对 loop构 象进行分类的超二级结构数据库，其基本数据来源于DSSP9【]，由Oliva和Bates等[1D．n整理得到。Arch． DB数据库是由ArchDB_