猪ILF2基因的电子克隆与生物信息学分析.pdfVIP

江苏农业科学 2011年第 39卷第 4期 孙婴宁，王维 禹．猪ILF2基因的电子克隆与生物信息学分析 [J]．江苏农业科学，2011，39(4)：23—26 猪 ILF2基因的电子克隆与生物信息学分析 孙婴宁，王维禹 (齐齐哈尔大学生命科学与农林学院，黑龙江齐齐哈尔 161006) 摘要：白介素增强子结合因子 2调节 白介素2基因表达的转录过程 ，属于重要的免疫相关基 因。利用 电子克隆 技术，以人的ILF2基因(NM_004515)为种子序列，克隆了猪的ILF2基因。结果显示该 cDNA序列长 1628bp，包含 1 条长度为 1173kb的开放阅读框架 ，5非编码区长90bp，3非编码区长365bp，编码 390个氨基酸。推导的氨基酸序 列与牛、马、人、小鼠、非洲爪蟾、斑马鱼的同源性分别为 99％、99％、99％、99％、90％、87％。理论等 电点为 5．19，分子 量为43050．12U。N端含有一个富含 RGG的单链 RNA结合基序，C端含有 1个 DZF锌指结构。猪 ILF2基因的成功 克隆，为进一步研究其基因结构、基因表达与调控奠定了基础。 关键词 ：白介素增强子结合因子2；白介素2；电子克隆；生物信息学；表达序列标签 ；开放阅读框架 中图分类号：$828．2 文献标志码：A 文章编号：1002—1302(2011)04—0023—03 白介素增强子结合因子 2(interleukinenhancerbinding WwW．ebi．ac．uk／Tools／clustalw2／index．htm1)比较猪 ／LF2和其 factor2，ILF2)，又称NF45，与白介素2(interleukin一2，IL一2) 他物种 ／LF2基因和蛋白序列的相似性，并用MEGA4．1(ht 基因的表达调控相关…，是活化T细胞核因子的一个亚基， tp：／／www．megasoftware．net／)构 建 儿 分 子进 化 树 。用 能够与 IL一2增强子 中的抗原受体反应元件 2(antigenrecep— ComputePi／Mw(http：／／www．expasy．ch／tools／pi—too1．htm1)计 torresponseelement一2，ARRE一2)序列区结合，从而调节 算蛋白质等电点和相对分子质量 ，在 PROSITE数据库 (ht． 儿 基因表达的转录过程，属于免疫相关基 因 。 目前对 tp：／／www．expasy．ch／prosite／)中检索蛋 白质的二级结构，最 ILF2的研究主要是在人和小鼠这 2个物种上。1996年，Mar- 后采用 SWISS—MODEL(http：／／swissmode1．expasy．org／)网站 coulatos等将人的 ／LF2基因定位于第 1号染色体上 J。2005 上在线预测软件模拟猪 ILF2蛋白质三维结构。 年，Deyu等发现 儿 在小鼠的脑、肾和睾丸中都有高水平的 2 试验结果 表达 。但有关猪 ILF2基因的研究 尚未见报道。本研究对 猪 ILF2基 因进行 电子克 隆，获得全 长 的开放 阅读框 架 2．1 猪 ／LF2基 因的 电子克 隆 (ORF)，为今后利用生物信息学方法快速克隆猪的新基因奠 用人 ／LF2基因(GenBank登录号：NM_004515)为种子序 定基础，也为进一步研究猪的ILF2基因功能提供了依据。 列，在猪的EST数据库中进行 BLASTN分析，发现共有 41条 长度不一的猪 EST与之高度同源 (相似性80％)。将这些 1 材料与方法 EST序列使用 CAP3软件进行计算机拼接 ，得到长度为 1．1 猪 ILF2基 因的电子克隆 1622bp的C0ntig；将这个 Contig再次在猪的EST数据库中进 从 GenBank(http：／／