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马铃薯Y病毒简并引物的开发与检测应用
史凤阳 高芳銮 常 飞 詹家绥
福建农林大学植物病毒研究所,福建福州350002
摘要:本研究根据马铃薯Y病毒不同株系126条CP基因序列的上下游保守区设计了一
对简并引物。同时利用RT-PCR技术,对不同株系的PVY样品进行了检测应用,检测结果表
明,所开发的简并引物特异性强,适用于PVY各株系的检测。
关键词:马铃薯Y病毒;CP基因;简并引物;株系
First—StrandcDNA DNA
Synthesis
SuperMix、TransTaqTMPolymeraseHiFi为北京全式金
(TransGen)公司产品。
1.2毒源
virus
℃超低温冰箱。PvY不同株系的阳性样品及马铃薯x病毒(PotatoX,PVX)、马铃薯M
virus virus vi—
病毒(PotatoM,PVM)、马铃薯A病毒(PotatoA,PVA)、马铃薯S病毒(Potato
ruS leaf—roll
S,PVS)、马铃薯卷叶病毒(Potato
入境检验检疫局检验检疫技术中心提供。
1.3 RNA提取
PlantRNA
使用EasyPure Kit提取P、吖总RNA,将马铃薯叶片和BB6于研钵充分研磨,
000 000
转入离心管中12 r/min,3
min,取上清;加入O.5倍体积混匀,加入离心柱中,12
000 000
r/min,30S,弃液体;加500CB6,12r/rain,30
IxL S,弃液体;加500止LWB,12
000 l孙lase—free
r/min,30S,弃液体;12 r/min,2min,静置数分钟;加100IIL H20在离
000
心柱中央,静置lmin;12r/min,2min,储存于一80℃备用。
1.4引物设计
DnaSP软件选择保守区。采用Primer
5软件设计简并引物,并经过Oligo对所设计引物的质量
7一
进行评估。最后确定用于扩增CP基因的简并引物CP—WCP—R的碱基序列分别为5
小为803
bp,引物由南京金斯瑞生物技术有限公司合成。
1.5 RT—PCR扩增
First—StrandcDNA
取2斗L总RNA用oligo(dT)18为引物按照TransScfiptSynthesis
SuperMix操作说明书进行反转录获得P、w全长eDNA。
HiFiBufferII nMdNTPs
PCR扩增采用50曲反应体系为:10×TransTaqTM5曲,2.5
4止,正向引物(10t工mol/L)2止,反向引物(10Braol/L)2灿,ddH:O34.75灿,
HiFi 2
TransTaqTMPolymerase(5U/此)O.25ILL,cDNAIxL。
PCR扩增程序条件为:94℃预变性5min,94oC变性30S,55oC复
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