基于遗传算法的多发性骨髓瘤基因表达谱分析.pdfVIP

2005 中国计算机大会（CNCC’2005 ） 基于遗传算法的多发性骨髓瘤基因表达谱分析 龚道雄 李建更 阮晓钢 北京工业大学电子信息与控制工程学院，北京 摘要：提出了一种基于遗传算法的基因表达谱数据分 analysis or gene expression data analysis. 析方法。以多发性骨髓瘤的基因表达谱数据为研究对 Keywords: Genetic Algorithm; Multiple Myeloma; Gene 象，采用相关分析方法进行数据预处理，从原始数据 Expression Data 集的7129 个基因中辨识出 50 个重要的候选基因；然 1 前言 后采用遗传算法从这50 个基因中发现用于多发性骨髓 瘤分类的特征基因，得到进行多发性骨髓瘤基因表达 基因芯片技术的发展，使得人们可以在一 谱数据分类和预测的产生式规则集。实验结果表明， 次实验中同时取得成千上万个基因的表达数 就Arkansas 癌症研究中心目前的多发性骨髓瘤基因表 据，检测出基因在不同条件下和不同类型组织 达数据而言，本文所得到的规则可对所有实验样本进 中的表达水平。有关肿瘤的信息大量蕴含在基 行完全正确的分类。该规则集可用于分类多发性骨髓 因表达谱数据中。目前基因芯片技术已被越来 瘤的患病样本和正常样本，预测新样本，为临床分析 越多的肿瘤生物学家用于肿瘤学的研究中，对 和研究基因表达数据提供参考。 肿瘤基因表达谱进行分析，有助于发现肿瘤组 关键词：遗传算法；多发性骨髓瘤；基因表达谱 织中的特异表达基因和肿瘤组织细胞中异常的 基因表达模式，对于疾病诊断和药物治疗靶序 A Genetic-Algorithm for Multiple Myeloma 列的确定具有重要意义。特征基因的选择和分 Gene Expression Data Analysis 类规则的提取是肿瘤基因表达谱分析研究工作 GONG Daoxiong LI Jiangeng RUAN 的重要内容。对基因表达数据进行有效地分析 Xiaogang 和建模，从中发现肿瘤组织细胞中异常的基因 School of Electronic information and Control engineering, 表达模式已经成为生物信息学当前研究的热点 Beijing University of Technology, Beijing 100022 之一。数据挖掘与机器学习的方法在该领域的 Abstract: A Genetic Algorithm for the Multiple 研究中得到了广泛的应用，并成为了基因表达 Myeloma (MM) gene expression data analysis is 数据分析的有力工具。 proposed. Taking the MM gene expression data of the 多发性骨髓瘤是一种在骨髓中生长的免疫 Lambert Laboratory of Arkansas Cancer Research Center 球蛋白浆细胞恶性肿瘤，目前尚属一种不可治 as the original dataset, this paper firstly identifies 50 愈的癌症。2002 年，Page 等人开展了多发性骨 candidate genes form 7129 genes by correlation analysis, 髓瘤基因表达谱的分析研究工作，他们以多发 and then applies the G