人体组织microRNA表达谱数据库信息分析.pdfVIP

泸州医学院学报 2010年 第33卷 第 2期 124 JournalofLuzhouMedicalCoUege Vo1．33 No．2 2010 潞 人体组织microRNA表达谱数据库信息的分析 代荣阳，严冬梅，刘友平 ，李 洪 (泸州医学院生物化学教研室，人类疾病细胞信号与调控I~t)ll省高校重点实验室，四川泸州 646000) 摘 要 目的：利用数据库信息获取人体组织microRN．As(miR_NAs)表达数据，通过对其系统分析获得有益信息，进而为深 入研究特定miRNA的功能提供新思路。方法：从miRNAs表达谱数据库获取人体多种组织miRdqAs表达信息，按表达丰度、表 达非特异性和特异性等对 miRNAs表达谱进行分析 ；选择表达丰度大于 0．004的miRNAs作为分析对象，并将在多种组织中均 表达者定义为非特异性表达，而在单一组织中表达者则定义为特异性表达。结果：发现人体各种组织中miRNAs的表达谱存在 明显差异，提示miK-122和 In 一7两种miR_NAs可能分别在肝脏和垂体中具有重要生理功能。结论 ：通过对人体miRNAs表 达谱数据库资源的综合分析，有助于全面了解和掌握miR_NAs在人体各种组织中的表达信息，并能为关键性miR_NAs分子的筛 选提供指导。 关键词 miRNAs；组织表达谱 ；数据库 ；生物信息学 中图分类号 Q257 文献标识码 A 文章编号 1000—2669(2010)2-0124—04 RESEARCHD G oN DATA FRoM HUMAN TISSUESM IRNAS EXPRESSION DATABASES DaiRongyang，etal DepartmentofBiochemistry,LuzhouMedicalColkge Abstract Objective：ToobtainusefulinformationviasystematicanalysisofhumantissuemiRNAsexpres— siondata，SOastosupportfurtherresearchesonspecificmiRNAs．Methods：HumantissuemiRNAsexpression datawereretrievedfrom fiveonlinemiRNAsdatabases．A comprehensiveanalysisoftheirexpressionabundance andtissnespecificitywascarriedout．Then．250miRNAswith expressionabundancemorethan0．004werese— lecteclastheobjectsofstudy．Thoseexpressedinvariedtissuesweredefinedastissuenon—specific；thoseex． pressedonlyinonetissueweredefinedastissuespecific．Results：miRNAsexpressionprofilesofeighthuman tissueswereobtained，and theimportanceofsomemiRNAswassuggestedbythesemiRNAsexpressionprofiles． miRNA一122andmiRNA-7，forinstance，arelikelytoplayan importantroleinliverandpituitaryrespectively． Conclusion：ItiSaneffectivecontrivancetostudymiRNAsbyconductingacomprehensiveanalysisofmiRNAs expressionprofilesrfom datbaaseresources． Keywords miRNAs；Expressionprofiling；Database；Bioinofrmaties microRNAsfmiRNAs1是一种长约 2